Так говорят, когда сталкиваются две неравные по силам стороны, когда происходит жестокая массовая расправа над беззащитными людьми.
Корни этого фразеологизма в Библии.
Согласно евангельскому преданию, иудейский царь Ирод узнал от волхвов, что в Вифлееме родился младенец, который станет царём Иудеи и освободит евреев от власти Рима.
Опасаясь потерять свою власть, Ирод приказал убить в Вифлееме всех младенцев мужского пола до двух лет, чтобы в их числе убить и будущего царя иудейского.
С того времени имя Ирода стало синонимом чудовища, а выражение «избиение младенцев» употребляется в значении «жестокая расправа над слабым противником».