"Genealogy of the Holy War" tiene lugar en el continente de Jugdral, dividido entre ocho países fundados por los Doce Cruzados, un antiguo grupo de soldados que acabaron con el dominio del antiguo dragón Loptous con ayuda divina. En el presente, un culto que pretende revivir a Loptous desata la guerra entre los países. La historia se desarrolla a lo largo de dos generaciones: la primera sigue al príncipe grannvaliano Sigurd, mientras que la segunda sigue a su hijo Seliph en su lucha por derrotar a la secta y vengar a su padre.