В июле 2016 года Магомед с родственниками отдыхал в лесу недалеко от села Сергокала. Утром к их палатке подошли пять вооружённых человек и в грубой форме стали будить отдыхающих. После короткой словесной перепалки был застрелен двоюродный брат Магомеда Абдурашид. Узнав, что Нурбагандов является действующим сотрудником полиции, нападавшие затолкали его и его брата Магомеда в багажник машины и, отъехав на некоторое расстояние от зоны отдыха, застрелили Магомеда Нурбагандова. Нападавшие, называвшие себя рекрутами «Исламского государства», снимали всё происходящее на камеру мобильного телефона и впоследствии загрузили видеоролик на один из экстремистских сайтов. В ходе проведения оперативно-розыскных мероприятий по поимке боевиков несколько из них были ликвидированы, двое — задержаны. При осмотре тел уничтоженных боевиков был найден телефонный аппарат, на который велась видеосъёмка. Просмотр оригинала видеозаписи позволил установить, что боевики загрузили на видеохостинг смонтированный ролик, из которого предварительно вырезали эпизод, демонстрирующий геройский поступок Нурбагандова. Стало известно, что перед убийством Магомеда принуждали призвать своих коллег уйти с работы, но он только призвал их продолжать работать, сказав «Работайте, братья». Указом Президента Российской Федерации № 486 от 21 сентября 2016 года лейтенант полиции Магомед Нурбагандов посмертно удостоен звания Героя Российской Федерации за мужество и героизм, проявленные при исполнении служебного долга.