Земля будущего. Человечество находится на грани вымирания. Хотя технологии вышли на невероятно высокий уровень, люди каждый день сражаются за свою жизнь с природой, которая эволюционировала и превратилась в безжалостного убийцу. Восстановить баланс и пошатнуть чашу весов, на которые возложена судьба всего человеческого вида, предстоит 13-летней девочке Веспер.
Созданные генетиками новые вирусы и организмы попали в дикую природу и уничтожили съедобные растения, животных и большую часть населения. Вот уже много лет избранная часть человечества прячется в укреплённых городах под названием цитадели, а остальные выживают, покупая у них семена, запрограммированные только на один урожай. 13-летняя Веспер живёт с парализованным отцом и проводит эксперименты, выводя новые виды растений и пытаясь взломать генетический код семян. Однажды она помогает раненой в результате крушения глайдера женщине и решает, что та поможет ей попасть в цитадель.