Действие происходит спустя годы после первого сезона. Новый четвёртый сезон начинается с того, что Октопус и Зола с Гидрой заключают союз и начинают создавать третью Зловещую Шестёрку, начиная с Крейвена-Охотника. Октопус пытается похитить Нормана Озборна, чтобы снова превратить его в Зелёного Гоблина, но в Нормане уже течёт сыворотка Анти-Гоблина, с помощью которой, он больше никогда не превратится в Гоблина. Тогда вместо этого, Октопус с помощью волшебного артефакта и магии Барона Мордо, вызывает Совершенного Зелёного Гоблина из вселенной Совершенного Человека-Паука (Майлза Моралеса) и вербует его в свою команду. Он подкупает Носорога, чтобы он был первым шпионом в Академии Щ.И.Т.а, и членом третьей Зловещей Шестёрки, в обмен на то, что он поможет ему в его состоянии. Человек-Паук создаёт новую команду союзников, в составе которых состоят: Агент Веном, Железный Паук, Парень-Арахнид (Майлз Моралес), и Алый Паук (имя которого неизвестно, но тётя Мэй даёт ему имя Бен Рейли). Позже было установлено, что Алый Паук был вторым шпионом Октопуса, и он предаёт Человека Паука, раскрывая Октопусу тайну его личности. Это разоблачение Человека — Паука приводит к тому, что Октопус предаёт Арнима Золу, а Алый Паук одумывается в последнюю минуту и приносит себя в жертву, чтобы спасти город от Октопуса.
Человек-Паук находит причину исчезновения Ника Фьюри и Новы: они охраняли Мадам Паутину от Гидры. Человек-Паук, Тритон, Мадам Паутина и Ник Фьюри останавливают Гидру, а Фьюри передаёт Питеру руководство над Академией Щ.И.Т.а. Позже, Кроссбоунс, Октопус, и Майкл Морбиус, сделали эксперимент над симбиотом Веномом, что приводит к возрождению симбиота Карнажа, который заражает город и каждого человека в городе и все они становятся симбиотами. Гарри приходит в себя из комы и неожиданно становится Анти-Веномом, и пытается спасти город. После потери контроля, Питер раскрывает ему тайну личности, прежде чем Анти-Веном уничтожает симбиотов Карнажей. Однако, симбиот Карнаж остался жив и поселился в Мидтаунской Школе, чтобы найти Мэри Джейн, с которой он сливается и становится Королевой-Карнаж. Они подвергаются атакой Морбиуса, который стал вампиром, после опыта Доктора Октопуса, и Человек-Паук, Агент Веном и Гарри Озборн побеждают всех и спасают Мэри Джейн от симбиота Карнажа и окончательно уничтожают его. Она тоже узнаёт тайну личности Питера, Флеша, и Гарри. Однако, часть симбиота Карнажа, всё ещё находится в ней.
Позже, Мадам Паутина приходит к выводу, что после разрушения Гибельного Сидалища, который был уничтожен во время боя Человека-Паука, Парня-Арахнида, Совершенного Гоблина и Октопуса, рассыпался на осколки и они исчезли в разных вселенных и могут нанести ущерб. Человек-Паук и Майлз Моралес отправляются в другие вселенные, чтобы найти их, но их так же ищет и Волк-Паук (злая альтернативная версия Питера Паркера), который хочет покорить мультивселенную. Они вновь воссоединяются с Нуарным Человеком-Пауком и встречают другие версии Людей-Пауков. Они находят последнюю часть артефакта во вселенной Майлза, и там они узнают, что с тех пор, как Гоблин исчез из этой вселенной, преступность выросла, и эту вселенную временно охраняет Гвен-Паук (Гвен Стейси) при поддержке тёти Мэй её вселенной, которая перенесла технологии погибшего Питера Паркера их вселенной. Они восстанавливают артефакт, но Волк-Паук заполучает его и становится сильнее. Но Человек-Паук обманывает своего двойника, и злой Питер вбирает много энергии и взрывается, освобождая жизненные силы других Людей-Пауков. Майлз соглашается на то, чтобы Гвен дальше продолжала геройствовать в её вселенной, в то время, когда он с нею и его мамой Рио Моралес, решают навсегда остаться во вселенной Великого Человека-Паука.
Во время трёхсерийной Саги о Клонах, Человек-Паук и Мэри Джейн находят клона Человека Паука по имени Каин, который пытается их поглотить. Человек-Паук сталкивается с «Проектом Каин», которая состоит из плана объединения ДНК Человека-Паука и Синтезойдов. Удивительно, но Мэри Джейн смогла овладеть симбиотом Карнажем, и благодаря Доктору Курту Коннорсу, она становится Совершенной Женщиной-Пауком. Они обнаруживают, что Доктор Октопус и Зола создали Алого Паука, как лидера Синтезойда — клона Человека-Паука, который должен был стать лидером Дельта-Найн-Синтезойдов. Когда Алый Паук получает контроль над Дельта-Найн-Синтезойдами и Октопус получает апгрейд, благодаря Нанотеху, Остров Гидры неожиданно пытается выплыть из воды, но группа Человека-Паука останавливает это. Когда они проникают на Трискеллион, Нова, Силач, Кулак и Девушка-Белка пытаются остановить Алого Паука и его Синтезойдов, поскольку они в курсе, что он работал на Октопуса, но Паук уговаривает их, что это больше не так. Каин возвращается и поглощает энергии всех людей в Трискеллионе, и он нацелен на Людей-Пауков. Паутиные Воины борются с ним, но он поглощает Дельта-Найн-Синтезойдов, чтобы стать Совершенным Каином, но Алый Паук с помощью устройства даёт Каину слишком много энергии и он взрывается.
В последних д