Francis Hummel et son second, le major Tom Baxter, mènent un groupe de Marines Recon renégats contre un dépôt d'armes de l'US Navy lourdement gardé afin de voler un stock de seize missiles M55 chargés de gaz VX, perdant au passage l'un de leurs hommes. Le lendemain, avec les capitaines Frye et Darrow nouvellement recrutés, Hummel et ses hommes prennent le contrôle de l'île d'Alcatraz, prenant quatre-vingt-un touristes en otage. Hummel menace de lancer les missiles contre San Francisco si le gouvernement américain ne lui verse pas 100 millions de dollars provenant d'une caisse noire militaire, qu'il distribuera à ses hommes et aux familles des Marines Recon qui sont morts lors de missions clandestines sous son commandement, mais dont la mort n'a pas été indemnisée.
Le ministère de la Défense et le Federal Bureau of Investigation (FBI) élaborent un plan pour reprendre l'île en faisant appel à une équipe de US Navy SEALs dirigée par le commandant Anderson, au meilleur spécialiste des armes chimiques du FBI, le Dr Stanley Goodspeed, et au seul détenu à s'être jamais échappé d'Alcatraz : John Mason. Le directeur du FBI James Womack offre à Mason une grâce (que Womack annule par la suite) et Mason est installé dans un hôtel. Il s'échappe, ce qui entraîne une poursuite en voiture avec Goodspeed dans les rues de San Francisco, alors que Mason cherche à retrouver sa fille Jade, dont il est séparé. Ils se rencontrent mais elle l'accuse de s'être à nouveau échappé lorsque Goodspeed arrive ; il couvre Mason en disant à Jade que Mason aide le FBI.
L'équipe réussit à pénétrer dans la prison d'Alcatraz, mais les hommes de Hummel sont alertés de leur présence et leur tendent une embuscade dans la salle de douche. Anderson et tous les SEALs sont tués, ne laissant que Mason et Goodspeed en vie. Goodspeed veut terminer la mission et tente de forcer Mason à l'aider ; Mason, voyant une chance d'échapper à la détention, désarme Goodspeed. Mais il change d'avis pour aider Goodspeed lorsque les Marines, ne retrouvant pas les armes et la radio d'un soldat SEAL mort, commencent à utiliser des grenades pour débusquer les survivants.
Ils éliminent plusieurs équipes de Marines et désactivent douze des quinze missiles en retirant leurs puces de guidage. Hummel menace d'exécuter un otage s'ils ne se rendent pas et ne rendent pas les puces ; Mason les détruit avant de se rendre à Hummel pour tenter de le raisonner et gagner du temps. Goodspeed désactive un autre missile juste avant d'être capturé. L'équipe d'infiltration étant neutralisée, le plan de secours est lancé : une attaque aérienne p