Старый философ Фауст в своем кабинете устал от жизни, но, слыша снаружи веселые звуки жизни, теперь призывает Дьявола на помощь. Появляется Мефистофель и дарует ему богатство и власть и, по его просьбе, молодость в обмен на его душу. Фауст преображается. На ярмарочной площади возле таверны собралась оживленная толпа людей, к которой присоединились Валентин и Сибель. Вагнер поет свою «Песнь о крысе», прерываемую Мефистофелем, с восхвалением золотого тельца и тостом за Маргариту. Валентин обнажает свой меч, который сломлен магией Мефистофеля. Фауст сопровождает Маргариту, когда она выходит из церкви, Зибеля держит в страхе Мефистофель. В саду Маргариты Сибель срывает ей букет цветов, но они увядают от его прикосновения, пока он не опускает пальцы в святую воду, разрушая чары. Фауст приветствует дом и ставит на ступеньку шкатулку с драгоценностями вместо букета Зибеля. Маргарита, приближаясь, поет свою песню о короле Туле, размышляя о красивом незнакомце, которого она встретила. Она видит и нерешительно открывает шкатулку, надевая драгоценности, которые ее восхищают. Ее соседка Марта подбадривает ее, и когда появляются Фауст и Мефистофель, она уходит с последним, оставив Фауста и Маргариту одних, пока пары бродят по саду. Расставаясь с ней, Фауст слышит ее признание в любви и бросается к ней. В четвертом действии Маргарита покинута. В церкви Мефистофель напоминает ей о ее грехе, внушая ей отчаяние. Перед ее домом Фауст и Мефистофель провоцируют Валентина, который находится внутри, и Фауст убивает его. Он умирает, проклиная свою сестру. Переработанный пятый акт содержит сцену Вальпургиевой ночи, где Фауст видит античных героинь и, наконец, Маргариту с красной отметиной на шее, похожей на порез топора. Приведенный к ней в тюрьму, где она была приговорена к смерти за убийство своего ребенка, Фауст умоляет ее бежать с ним, но вместо этого она обращается к ангелам, зная о зле в Мефистофеле. Теперь ангелы несут ее на небеса, и Мефистофель, пока Фауст преклоняет колени в молитве, остается разочарованным.
«Фауст» Гуно остается самой известной оперной обработкой пьесы Гёте. Оркестровые отрывки из произведения включают балетную сцену из пятого акта, нубийские танцы, вариации Клеопатры, троянский танец, зеркальные вариации и танец Фрины. Второй акт включает в себя O Sainte Médaille (О, святая медаль) Валентина, когда он смотрит на святую медаль, которую Маргарита дала ему в качестве защиты в бою. Та же сцена приносит Le veaux d'or (Золотой теленок) Мефистофеля, восхваляющий мирские вещи, и заканчивается вальсом Фауста Ainsi que la brise légère (Как легкий ветерок). В следующем акте, после Faites-lui mes aveux Зибеля («Принеси ей мои клятвы»), звучит восторженная песня Фауста в доме его возлюбленной Маргариты, Salut! demeure chaste et pur («Радуйся! Жили целомудренно и чисто») и невинную балладу Маргариты Il était un roi de Thulé («Жил-был король Туле»). Это резко контрастирует с ее восторженной песней о драгоценностях, Ах! je ris de me voir si belle (Ах! Я смеюсь, видя себя такой красивой). В своем саду она срывает лепестки цветка, чтобы узнать, любит ли ее Фауст, а позже, в ночь любви, признается Il m'aime (Он любит меня). За пустынным и зловещим началом четвертого акта следует звук возвращающихся солдат и хорошо известный солдатский хор Gloire immortelle (Бессмертная слава), ведущий к сцене дуэли и смерти Валентина.