La segunda generación de la historia comienza 15 años después del final de la primera generación. Sus protagonistas principales son los soldados de una unidad de Hover Tank, el Decimoquinto Escuadrón, liderados por la teniente Dana Sterling, hija de dos personajes de la generación anterior, que es mitad humana y mitad Zentraedi.
Los Maestros de la Robotecnia, líderes y creadores de los Zentraedi, llegan a la Tierra para terminar la tarea que sus soldados gigantes no cumplieron: recuperar la Matriz de la Protocultura. La Matriz se hallaba oculta a bordo del SDF-1 cuando llegó a la Tierra. Sin el menor intento por entrar en contacto con los humanos, comienza la guerra entre los Maestros de la Robotecnia y el Ejército de la Cruz del Sur, la fuerza militar encargada de la defensa de la Tierra. Lo que comienza como una serie de ataques a pequeña escala contra instalaciones militares y ciudades menores, desemboca en una guerra total entre ambas civilizaciones, con brutales ofensivas y contraofensivas en tierra y en el espacio orbital, donde las flotas de los Maestros de la Robotecnia y de la Tierra libran costosas batallas. El Decimoquinto Escuadrón tiene una participación ejemplar en la guerra, realizando peligrosas misiones y causando graves daños a los Maestros de la Robotecnia.