Кроме того, есть мнение, что жизнь и реальность — не продукты компьютерного моделирования. К такому выводу пришли физики-теоретики из Оксфордского университета, заметив связь между гравитационными аномалиями и сложностью квантовых вычислений.

Первый фильм "Матрица" начинается спустя примерно 600 лет после окончания «Войны машин». Матрица близится к концу своего шестого цикла, и шестым избранным стал Томас Андерсон, программист. Его жизнь кардинально меняется, когда его находит группа кибертеррористов во главе с загадочным Морфеусом. Морфеус верит, что Андерсон – Избранный, спаситель, предсказанный Пифией, который может остановить машины раз и навсегда. В качестве имени он выбирает свой ник в интернете, Нео, и начинает тренироваться на корабле Морфеуса. Вскоре после этого на Нео и его друзей начинают охоту Агенты – программы, предназначенные для защиты Матриц от нарушений. Главным Агентом является программа под названием Смит. Агенты берут Морфеуса в плен, но он успевает отвлечь их внимание на себя, что позволяет Нео и Тринити бежать. Почти сразу же Нео и Тринити проводят операцию по спасению Морфеуса. Морфеус и Тринити успешно выходят из симуляции, но в Нео стреляет Агент Смит. Нео погибает, но возвращается к жизни, потому что он – Избранный. Нео, теперь способен контролировать разные аспекты Матрицы, и, судя по всему, уничтожает агента Смита с помощью своих новых способностей. Спустя полгода после событий первой Матрицы бойцы Сопротивления Зиона обнаружили, что армия машин пробьет стены их города примерно через 3 дня. Тем временем Смит возвращается. То, что с ним сделал Нео в конце прошлого фильма, каким-то образом изменило его. Он больше не выступает в роли Агента системы – теперь он действует как самовоспроизводящийся вирус, ассимилируя другие программы и превращая их в свои копии. Пифия говорит Нео, что ему нужно найти программу под названием Мастер ключей, которая может доставить его к Источнику. Она объясняет, что ему нужно будет забрать Мастера ключей у Меровингена, который держит в плену в укрытии для беглых программ. Это приводит к автомобильной погоне, которая заканчивается тем, что Нео приводят к предполагаемому Источнику, но перед ним оказывается сам Архитектор. В этот момент фильма Архитектор все объясняет Нео. Это – уже не первая версия Матрицы, он – не первый Избранный, а вся идея о том, что его судьба – остановить машины – не больше чем выдумка и надежда. Пифия и Архитектор манипулировали им с самого начала, а все ради того, чтоб доставить аномальный код, хранящийся в нем, обратно в Источник – точно так же, как это сделали пять предшествующих ему Избранных. -Функция Избранного на данном этапе состоит в том, чтобы вернуться к Источнику, что позволит программному коду, который внутри него, на время распространиться по систему и вернуть программу к первичному состоянию. Так почему бы просто не запихнуть его силой в Источник? Проблема сводится к предыдущим провальным проектам Матрицы: у него должен быть выбор. Пусть даже и мнимый. Архитектор говорит, что, пускай Нео и не может спасти Зион от предстоящей атаки, он может вернуть код в Источник, запустить необходимую перезагрузку Матрицы и вывести из виртуальной реальности несколько человек, что позволит человечеству начать все сначала. С другой стороны, он может вернуться в Матрицу и попытаться спасти Тринити, но это обречет человеческую расу на смерть, когда симуляция окажется, переполнена глюками и отключениями. Но Нео выбирает иной путь, в отличии от предыдущих Избранных. Потому что они не любили. Он выбирает спасти Тринити. Выйдя из симуляции, он обнаруживает, что у него есть некоторый уровень контроля над машинами в реальном мире, и он останавливает кучу Стражей силой мысли, прежде чем впасть в кому.