У червні 1934 року був ув'язнений польською поліцією і перебував під слідством у в'язницях Львова, Кракова й Варшави до кінця 1935 року. З 18 листопада 1935 до 13 січня 1936 проходив Варшавський процес, на якому Бандера, разом з 11 іншими обвинуваченими, був суджений за приналежність до ОУН та за організацію вбивства міністра внутрішніх справ Польщі Броніслава Пєрацького. Бандеру засудили до смертної кари, яку замінено на довічне ув'язнення. Після того він сидів у в'язницях «Święty Krzyż» («Святий Хрест») коло Кельц, у Вронках коло Познаня і в Берестю над Бугом до вересня 1939 року. 13 вересня, коли положення польських військ на тому відтинку стало критичним, в'язнична адміністрація і сторожа поспішно евакуювалися, а в'язні вийшли на волю.
У першій половині січня 1940 року Бандера прибув до Італії. Був у Римі, де станицею ОУН керував проф. Є. Онацький. Там він зустрівся з своїм братом Олександром, який жив у Римі від 1933--1934, студіював там і зробив докторат з політично-економічних наук, одружився і працював у нашій місцевій станиці.
Трагічна доля рідних Степана Бандери
Храм у Кракові, де Бандера одружився
Церква Святого Норберта у Кракові, де Бандера одружився
З початком окупації України нацистськими військами один із загонів опору очолив молодший брат Степана — Богдан. Він загинув у 1942 чи 1943 році.
5 липня 1941 у Кракові Степан Бандера був заарештований. За ним до Берліна поїхала дружина Ярослава з тримісячною донькою Наталкою, щоб перебувати близько до чоловіка. Бандеру утримували спочатку у в'язниці, потім — у концтаборі Заксенгаузен, де він перебував до 1944 року. Братів Олександра (доктора політекономії) та Василя (випускника факультету філософії Львівського університету) у 1942 році вбили польські наглядачі-капо у концтаборі Аушвіц[17][18].
Андрія Михайловича Бандеру — батька Степана, було вбито радянською владою. Сестер Оксану та Марту-Марію у 1941 р. було заарештовано і заслано до Сибіру (Красноярський край). Керівництво СРСР десятиліттями не дозволяло їм повернутися до України — Марта-Марія Бандера померла на чужині у 1982 році, а літня Оксана Бандера повернулася на Батьківщину лише у 1989 році після майже 50 років життя у Сибіру. Вона померла 24 грудня 2008 року.
Ще одна сестра — Володимира — перебувала у радянських виправно-трудових таборах від 1946 до 1956 року.