Перекись водорода может рассматриваться как более безопасная альтернатива хлорсодержащим антисептикам при обработке поверхностей, но для промывания ран она не подходит.

Проведенные исследования 1,5–3%-ных растворов показали, что, будучи сильным окислителем, перекись повреждает нежные ткани и в итоге тормозит естественные процессы регенерации и репарации, чаще приводя к образованию рубцов, в том числе грубых. Даже для полоскания рта при наличии воспалительных процессов более эффективным оказался хлоргексидин.