Характерные места обитания манула (каменистые степи, останцы) сравнительно мало страдают от воздействия человека;

наибольшее влияние на его численность оказывают браконьерская охота ради меха, беспривязное содержание собак, массовое использование петель и капканов для отлова зайцев и лисиц. Наряду с воздействием антропогенных факторов отмечается ухудшение кормовой базы ввиду снижения численности сурков и других грызунов. Много зверей, особенно молодых, уничтожают волки и филины; в раннем возрасте велика смертность от инфекционных заболеваний. Существенным лимитирующим фактором являются также многоснежные зимы и продолжительный гололёд.
Манул занесён в Красную книгу Российской Федерации, в Красный список МСОП со статусом «близкий к угрожаемому» и в Приложение II Конвенции CITES (1995). Охота на манула повсеместно запрещена.