1. Исследователи отмечают различия в форме стопы, строении пояса передних конечностей и плечевой кости, мускулатуре конечностей и её аллометрии, физиологии упражнений и кинематике движений, а также пропорциях конечностей или позвонков. 2. Аллигаторовые, в отличие от настоящих крокодилов, не способны на галоп. 3. Аллигаторы имеют относительно более короткие остистые отростки позвонков, короткую и широкую плечевую кость и коракоид, поддерживающие менее дифференцированную мускулатуру передних конечностей. Крестцовые позвонки, кости таза и задние конечности у крокодилов как правило длиннее, чем у аллигаторов. 4. У крокодилов более развит солевой обмен. Излишек солей выводится из организма крокодила с помощью специальных солевых желез, расположенных на языке (лингвальные железы), а также, в меньшей степени, с выделениями Гардеровых желез («крокодиловы слёзы»). У аллигаторов лингвальные железы представляют рудименты слюнных желез и выделяют только небольшое количество слизи. Поэтому крокодилы могут жить в солёной воде, а аллигаторы, за редкими исключениями, живут только в пресной. Чувствительные рецепторы, визуально различающиеся как небольшие точки, покрывают всё тело крокодилов, но только морду у аллигаторов.

5. Ротовая полость аллигаторов не кератинизированна и таким образом намного нежнее, чем у крокодилов. 6. Недавно было показано, что аллигаторовые, в отличие от настоящих крокодилов, по крайней мере в некоторых случаях способны включать растительную пищу в свой рацион.

7. Визуально аллигаторовых от настоящих крокодилов легче всего отличать по строению челюстей. Когда челюсти у крокодила сомкнуты, то видны его 64—68 относительно длинных и острых зубов, особенно — увеличенный четвёртый зуб на нижней челюсти и пятый зуб на верхнечелюстной кости. У аллигаторов зубы более многочисленны — их количество варьирует от 72 до 76 у китайского аллигатора и черного каймана до 84—86 у Апапорисского крокодилового каймана. У представителей рода Alligator, а также черного и широконосого кайманов, зубы значительно мельче и имеют более притупленные коронки, чем у большинства настоящих крокодилов. У всех аллигаторовых четвёртый зуб нижней челюсти меньших размеров и верхняя челюсть полностью закрывает его.

8. Также их можно отличить по форме морды: у настоящих крокодилов морда как правило острая, V-образная, а у аллигаторовых (кроме Апапорисского крокодилового каймана) — тупая, U-образная. Однако, идентификация по строению челюстей может быть неприменима к старым животным с деформированными зубами и как правило очень массивными, вне зависимости от вида (за исключением более рыбоядных форм), челюстями. #рептилии