Первый (не сохранившийся) подобный садик в Санкт-Петербурге был разведён на нынешней Большой Охте, близ развалин крепости Ниеншанц. Существовали Аптекарские огороды на Мойке. Петр I повелел учредить Аптекарский сад на острове Вороньем, расположенном вблизи города. Из Москвы в Санкт-Петербург на Вороний остров был переведен Аптекарский приказ - учреждение, ведавшее всем медицинским и аптечным делом. В связи с этим впоследствии остров стал называться Аптекарским. Главная цель сада состояла в разведении лекарственных трав, а также редких и интересных "заморских" растений. Постепенно территория сада расширялась за счёт покупки и присоединения к нему отдельных участков.
При Екатерине II сад имел в длину 300, а в ширину 200 саженей (то есть 640 на 425 метров); был построен большой деревянный дом, в котором жил профессор ботаники, а летом президент Медицинской коллегии. В то время здесь усердно разводили "тунгусский чаёк" (Spiraea ulmaria). Считалось, что это прекрасное потогонное средство при простудных и лихорадочных болезнях.
Сад находился всегда в тесной связи с врачебными учебными заведениями столицы, служа им пособием при преподавании; здесь читали лекции ботаники: Буксбаум - первый ботаник-специалист, управлявший садом, совершивший несколько экскурсий по России и обогативший аптекарские питомники первыми редкими видами русских растений, Фишер, Зигебек, Рудольф, Стефан и другие. Они же и управляли садом.

К 1823 году количество уникальных лекарственных и экзотических трав так возросло, что Аптекарский огород был преобразован в Императорский Ботанический сад. С 1934 года стал научным отделением Ботанического института им. Комарова РАН. Сегодня площадь сада составляет 22,6 га, включая 16 га парка-дендрария. Коллекция насчитывает свыше 80 тысяч образцов. Экспозиция музея посвящена растительности Земли, истории и эволюции растений, растительным ресурсам России, взаимоотношениям растений и человека.