После отстранения в октябре 1928 года от партийной работы («за примиренческое отношение к правому уклону»), Рютин был назначен заместителем редактора газеты «Красная звезда», а в 1929 году был направлен уполномоченным ЦК по коллективизации в Восточную Сибирь. После возвращения из этой поездки им была составлена подробная записка в Политбюро ЦК ВКП (б) о недостатках и перегибах в колхозном движении. В нем обосновывалась мысль о том, что, по сути, идет свертывание нэпа и отказ от решений XV съезда ВКП (б) по работе в деревне. Записка вызвала резкую реакцию Сталина и Л.М. Кагановича.
Статья Сталина «К вопросу о политике ликвидации кулачества как класса» в свое время явилась ответом на публикацию, которую он прочел в «Красной звезде» от 16 января 1930 года. В ней Сталин, отчасти, вскрывал и мотивы, побудившие его взяться за перо: «В № 16 «Красной звезды» в статье «Ликвидация кулачества как класса», в общем бесспорно правильной, имеются две неточности в формулировках. Мне кажется, что необходимо исправить эти неточности». Неназванным автором так не понравившейся Сталину статьи был заместитель ответственного редактора «Красной звезды» М.Н. Рютин. Основной причиной, вызвавшей неудовольствие Сталина, стала политическая позиция последнего. Рютин в статье всего лишь намекнул на необходимость соблюдать принцип постепенности в деле коллективизации, то есть изложил «крестьянский вопрос» так, как трактовали его решения XV съезда партии. Однако Сталин давно уже ревизовал эти решения. И передовая статья «Красной звезды» напоминала о курсе, выработанном XV съездом. Это был хотя и скрытый, но прозрачный намек на отход реальной практики от этого курса.
Несмотря на то, что оппоненту Сталина пришлось признать свои «ошибки», допущенные им в газетной статье, суть проводившейся политики в отношении крестьянства была вскрыта весьма точно. Из состоявшейся полемики вытекало, что насильственные методы в процессе коллективизации будут расширены. Такими методами Сталин пытался решить зерновые трудности, обрекая на гибель сотни тысяч крестьян. В дни, когда были опубликованы статьи Рютина и Сталина, из ЦК с каждым днем возрастал нажим на местные органы с требованием ускорить коллективизацию. В передовой статье газеты «Правда» от 3 февраля 1930 г. говорилось: «Последняя наметка коллективизации – 75 % бедняцко-середняцких хозяйств в течение 1930/31 года – не является максимальной». В этих условиях Рютин, осмелившийся выступить в печати против Сталина в связи с раскулачиванием крестьянства, предупреждал о пагубности такого курса. Политика сталинской «сплошной коллективизации» вела к массовым репрессиям. Постоянная угроза предъявления любому партийному работнику обвинения в «правом уклоне» толкала многих из них на применение насилия к тем, кто уклонялся от вступления в колхозы. Лозунг «Лучше перегнуть, чем недогнуть» очень быстро был перенят низовыми руководителями у творцов политики массового «раскулачивания».
В январе 1930 года Рютин, видимо, окончательно понял, что остановить Сталина невозможно. Долг коммуниста, как его понимал Рютин, толкнул его к действиям, среди которых была и публикация передовой статьи в «Красной звезде». В тот момент у него была только такая возможность предупредить об опасности. Но признание Сталиным в печати собственных ошибок на деле оказалось всего лишь тактическим маневром. Объяснялось это необходимостью срочного укрепления авторитета вождя. Когда Сталин вновь ощутил прочность положения, прежняя политика была им продолжена. Сбив волну недовольства среди крестьянства, массовое раскулачивание и насильственная коллективизация набрали прежние темпы.
2 марта 1930 года Рютин в последний раз подписал газету «Красная звезда» – с идеологической работы он был переведен на хозяйственную, получив пост председателя Управления фотокинопромышленности ВСНХ СССР.
На XVI съезде партии Сталин через Кагановича обещал Рютину, что он будет избран в ЦК, если выступит в прениях с осуждением «правого уклона» и «самокритикой» поводу своего «примиренческого» отношения к нему. М.Н. Рютин понял, что стоит за этим предложением: И.В. Сталину нужно было еще одно покаяние, еще одно осуждение правого уклона, признание сталинских заслуг из уст уже опального, но еще достаточно авторитетного оппонента. Рютин, как он признавал в последствии, «увильнул» от этого выступления. В состав ЦК он избран не был.
В августе 1930 года Рютин из Москвы уехал отдыхать в Ессентуки, где встречался со своим знакомым Александром Семеновичем Немовым (1898-1937) (бывшем сослуживцем Рютина по работе в Краснопресненском райкоме партии), руководителем одного из столичных трестов.
Осенью 1930 года в ЦК поступил донос Немова, который заявлял, что в личных беседах Рютин говорил о губительном характере политики Сталина и необходимости отстранения его от руководства. Уже 13 сентября Сталин, до которого уже стали доходить сведения о разговорах Рютина, писал Молотову, что «в отношении Рютина нельзя будет ограничиться исключением. Его придётся, спустя некоторое время после исключения, выслать куда-либо подальше от Москвы. Эту контрреволюционную нечисть надо разоружить до конца». Рютин категорически отрицал утверждения Немова, хотя позже, во время допросов в ГПУ в 1932 году, признал, что в целом они верно отражают его слова.
Спустя три дня после доноса Немова дело Рютина было заслушано на заседании Президиума ЦК, исключившего его из партии «за предательски-двурушническое поведение и за попытку подпольной пропаганды правоуклонистских взглядов».
Исключенный из партии и снятый со всех постов М.Н. Рютин работал экономистом в «Союзсельэлектро».
13 ноября 1930 года Рютина арестовывают по обвинению в контрреволюционной агитации и пропаганде. Однако, 17 января 1931 года коллегия ОГПУ признала это обвинение недоказанным, и он был освобожден.
Выйдя на свободу, Рютин поставил перед собой цель создания подпольной организации. Весной 1932 года было сформировано ее ядро, куда, помимо Рютина, вошли профессиональный революционер Василий Николаевич Каюров (1876-1936) – член партии с 1900 года, Михаил Семенович Иванов (1885-1937), член партии с 1906 года (в то время – руководитель группы наркомата Рабоче-крестьянской инспекции), Павел Андрианович Галкин (1888-1937), член партии с 1918 года, работал вместе с М.Н. Рютиным в Краснопресненском райкоме ВКП(б) и другие коммунисты.
В марте 1932 года Рютин начинает писать теоретическую работу «Сталин и кризис пролетарской диктатуры». Эта работа стала платформой будущей организации, получившей название «Союза марксистов-ленинцев». Его организационное оформление состоялось 21 августа 1932 года в деревне Головино под Москвой, в доме члена ВКП (б) Петра Александровича Сильченко. В собрании приняло участие 14 коммунистов из Москвы и Харькова. Был избран комитет Союза и принято «Обращение ко всем членам ВКП (б)», получившее впоследствии название «Манифеста». Уже в июне «Манифест» распространялся в Харькове, а в августе того же года в секретно-политический отдел ОГПУ поступили агентурные сведения о том, что группа активных харьковских троцкистов, поддерживавшая связь с московскими троцкистами, обсуждала обращение «Ко всем членам партии».
В своих документах, основным автором которых является Рютин, Союз подверг резко критике политику сталинизма, но он по-прежнему исходил из возможности исправления положения путем отстранения силами членов партии от власти Сталина и его окружения, восстановления нормальной работы Советов, профсоюзов и т.д. Он по-прежнему считал правильной экономическую платформу правой оппозиции, но признавал правоту левой оппозиции в вопросе внутрипартийной демократии. Документы получили достаточно быстрое распространение среди членов левой и правой оппозиции, информация о них вышла и за рубеж. Однако организация просуществовала очень недолго.
Уже 14 сентября 1932 года в ЦК ВКП (б) поступило заявление от двух членов партии, в котором они сообщили о получении от Каюрова «Обращения ко всем членам ВКП (б)». В период с 15 по 23 сентября были арестованы практически все члены Союза, в т.ч. 22 сентября, в Ессентуках, был арестован и Рютин. В ходе допросов в ОГПУ Рютин брал всю ответственность на себя, включая составление документов. Впрочем, то же самое делал и Каюров, из-за чего позже возникли споры об авторстве документов Союза.
Рютин подвергся пыткам и шантажу. Он подписал все требуемые признания и «раскаяние», которые от него требовали. Сталин потребовал для Рютина расстрела. Воспротивились Киров, Орджоникидзе, Куйбышев и некоторые другие члены Политбюро. Поэтому приговор – уже через две с половиной недели! – был гуманным: 10 лет тюрьмы. Газеты, не вдаваясь в подробности, сообщали о разгроме «контрреволюционной банды».
Комментарии 5