В 1941 году он поступил сразу на 2-й курс актерского факультета Ленинградского театрального института, где проучился до 1943 года. Во время войны институт был эвакуирован в Томск.
В 1943—1945 годах Михаил — актер Пятигорского театра музыкальной комедии (ныне Ставропольский театр оперетты). С 1946 года — во Львове, сначала эстрадный актер Львовской филармонии, в 1947—1953 годах — актер Львовского театра музыкальной комедии. В 1953 году вместе с театром переехал в Одессу, где театр стал Одесским театром музыкальной комедии.
Свою первую кинороль Михаил Водяной сыграл в 1957 году в фильме-спектакле "Белая акация", где сыграл Яшку-"Буксира". Но по настоящему всенародную славу ему принесла роль Попадопуло в фильме "Свадьба в Малиновке".