Определением Военной коллегии Верховного суда СССР от 18 июня 1963 были реабилитированы И. А. Князев, И. Д. Турок, И. И. Граше, Б. О. Норкин и Г. Е. Пушин. Постановлением Пленума Верховного суда СССР от 17 апреля 1986 был реабилитирован Н. И. Муралов. Постановлением Пленума Верховного суда СССР от 4 декабря 1986 был реабилитирован Л. П. Серебряков. Постановлением Пленума Верховного суда СССР от 23 сентября 1987 был реабилитирован М. С. Богуславский. Пленум Верховного суда СССР постановлением от 13 июня 1988 отменил приговор Военной коллегии в отношении Ю. Л. Пятакова, Я. А. Лившица, Я. Н. Дробниса, С. А. Ратайчака, А. А. Шестова, Г. Я. Сокольникова, К. Б. Радека и В. В. Арнольда и прекратил дело за отсутствием в их действиях состава преступления. Было установлено, что обвинения, выдвинутые против всех этих лиц, были необоснованными, а материалы дела сфабрикованы. Не было как такового и «параллельного антисоветского троцкистского центра».

По словам академика Дмитрия Лихачёва, «в науке насаждалось представление, что с самого начала исследования может быть правилен только один путь, одно истинное направление, одна научная школа и, разумеется, только один главный учёный, „вождь“ своей науки». Выбор делался по политическим соображениям схоластического характера и выбранное направление объявлялось «истинно марксистским». Считалось, что в науке есть две точки зрения — правильная марксистская и неправильная, враждебная ей.[5] Академик Андрей Зализняк говорил, что «в отношении гуманитарных наук губительную роль играла установка советской власти на прямую постановку этих наук на службу политической пропаганде»[6].

После окончания гражданской войны, в сентябре — ноябре 1922 года власти РСФСР провели кампанию по высылке из страны ряда учёных, преподавателей вузов и других лиц в основном гуманитарных профессий, чьи взгляды расценивались властями как контрреволюционные[7].

В начале 20-х годов и с конца 50-х — начала 60-х годов советское руководство не вмешивалось в естественные науки, за исключением генетики, для которой «оттепель» наступила в 1965 году

После смерти В. И. Ленина понятием, обозначающим идейные основы советской философии, стал марксизм-ленинизм. В течение 1920-х и 1930-х годов все другие течения русской философии были подвержены репрессиям, многие мыслители эмигрировали.

В 1922 году из Советской России была выслана группа интеллигенции. Среди высланных были и философы: Н. А. Бердяев, С. Л. Франк, Н. О. Лосский, И. А. Ильин, Л. П. Карсавин и другие[14].

В 1920-е годы в советской марксистской философии развернулась дискуссия между «механистами» и «диалектиками» («деборинцами»). В декабре 1929 года Сталин в своей речи «К вопросам аграрной политики в СССР» заметил, что теоретический фронт отстаёт от «успехов практического строительства». Появившаяся в № 6 за 1930 год журнала «Антирелигиозник» статья М. Б. Митина, П. Ф. Юдина (оба недавно окончили Институт красной профессуры) и ещё нескольких авторов «О задачах борьбы на два фронта» (то есть борьбы как против «механистов», так и против «диалектиков») положила начало крайней политизации философии. Критика «деборинцев» за их отрыв от политической борьбы и задач социалистического строительства была продолжена в статье, подписанной М. Митиным, В. Ральцевичем и П. Юдиным, опубликованной в газете «Правда» 7 июня 1930 года, причём в примечании «Правда» сообщала, что «редакция солидаризуется с основными положениями настоящей статьи». В декабре 1930 года состоялась встреча Сталина с бюро ячейки Института Красной профессуры философии и естествознания, где, по многим свидетельствам, Сталин охарактеризовал возглавляемое академиком А. М. Дебориным течение как меньшевиствующий идеализм. Позиция группы Митина и Юдина была официально утверждена 25 января 1931 года в постановлении ЦК партии «О журнале „Под знаменем марксизма“»