2 сезон.

Часть первая.
После нападения на Нару Луна восстанавливает память Усаги. Новые враги – Эйл и Анна – пришельцы из космоса, которые забирают у людей жизненную энергию, чтобы подпитывать Макайджу – Древо Тёмного Мира – источник их жизни. В классе Усаги появляются новенькие – Сейджуро Джинго (Эйл) и Нацуми Джинго (Анна), которые говорят всем, что они брат и сестра. Тем временем Эйл влюбляется в Усаги, а Анна – в Мамору. Другим Воительницам Луна восстанавливает память в 48 серии, когда Сейлор Мун оказывается бессильной справиться с врагом, и Мамору тоже не может ничем помочь – он ничего не помнит. Новый союзник Воительниц – Рыцарь Лунного Света – помогает им. Сейлор Мун получает новую силу, так как предыдущей недостаточно для борьбы с врагом.
В итоге Древо Тёмного Мира помогает понять Эйлу и Анне, что такое настоящая любовь. Сейлор Мун очищает Дерево, и с его ростком Эйл и Анна отправляются в просторы космоса, чтобы начать новую жизнь. Мамору вспоминает, что он Такседо Маск, а Рыцарь Лунного Света оказывается отражением части души Мамору.
Часть вторая.
Во второй части прямо на голову целующимся Усаги и Мамору падает девочка. Она говорит, что её зовут Усаги, и требует вернуть ей Серебряный Кристалл. Кристалл нужен ей, чтобы спасти свою маму – Нео Королеву Серенити, в ХХХ тысячелетии. Чибиуса (маленькая Усаги) поселяется в доме Усаги, загипнотизировав её родителей и Шинго игрушкой Луна-Пи. Новые враги – Чёрная Луна, состоящая из сёстр-преследовательниц, Рубиуса, Изумруд, Сапфира, Алмаза и Мудреца. В этой части Мамору рвёт отношения с Усаги, так как Король Эндимион из его сна сказал, что, если он не сделает этого, Усаги погибнет.
Сёстры-преследовательницы терпят поражение за поражением в борьбе с Воительницами за Чибиусу, и Сейлор Мун удаётся очистить их, сделав обычными людьми. Тем временем Чибиуса узнаёт правду о Воительницах и Такседо Маске. Усаги и Мамору снова вместе. Чибиуса и воины отправляются в будущее, чтобы спасти Нео Королеву Серенити. Там они встречают нового воина – Сейлор Плутон – Стража Врат времени.
Воительницы и Такседо Маск обнаруживают, что Чибиуса – дочь Усаги и Мамору в будущем. Оказывается, что Сейлор Мун не может разбудить Королеву и не в состоянии ей помочь. В это время Мудрец похищает Чибиусу и порабощает её разум. Чибиуса становится Тёмной Леди. В 88 серии Сейлор Мун превращается в Нео Королеву Серенити и с помощью Такседо Маска возвращает Чибиусе память. Силой Серебряных Кристаллов настоящего и будущего удаётся победить Мудреца. Чибиуса возвращается в будущее.