Действие игры происходит в 2435 году на планете рудокопов Хиллии, которая терпит нападения монстров-захватчиков — ДумЦ (англ. Domz). Враждебные существа похищают жителей планеты и вывозят их в неизвестном направлении. Элитное подразделение галактического спецназа — Корпус Альфа — доблестно защищает народ от враждебных пришельцев. Борцы вооружены самым современным оружием и техникой, и все уверены, что спецназ беспощадно истребляет пришельцев и восстанавливает порядок на Хиллии, но подпольная повстанческая организация ИРИС, противоборствующая ДумЦ, сомневается в правдоподобности действий Корпуса. Плейлист Beyond Good & Evil: http://www.youtube.com/playlist?list=PLQ6L-Ee5ECFVanjrKghqn-t65JEq8cJLG