El origen de los Hospitalarios fue un hospital del siglo XI fundado en Jerusalén por comerciantes italianos de Amalfi para atender a peregrinos enfermos y pobres. Después de la conquista cristiana de Jerusalén en 1099 durante la Primera Cruzada, el superior del hospital, un monje llamado Gerard, intensificó su trabajo en Jerusalén y fundó albergues en ciudades provenzales e italianas en la ruta a Tierra Santa.
La orden fue formalmente nombrada y reconocida el 15 de febrero de 1113, en una bula papal emitida por el Papa Pascual II. Raymond de Puy, que sucedió a Gerard en 1120, sustituyó el régimen agustiniano por el benedictino y comenzó a construir el poder de la organización.
Adquirió riqueza y tierras y combinó la tarea de atender a los enfermos con la defensa del reino cruzado. Junto con los Templarios, los Hospitalarios se convirtieron en la orden militar más formidable de Tierra Santa.