Оригинальный сюжет Согласно сюжету, за три года до основных событий ранобэ произошло некое событие, ставшее объектом внимания ряда организаций. Каждая организация имеет свою собственную версию о том, что именно произошло. Однако все они сходятся в том, что причиной происшествия стала некая Харухи Судзумия, не интересующаяся обычными людьми и одержимая идеей поиска всего паранормального. При этом, по общему мнению, своих собственных необычных способностей она не осознает. Повествование идет от имени главного персонажа Кёна, в прошлом мечтавшего столкнуться с чем-то необычным, но выступать при этом героем второго плана. В начале событий ранобэ Судзумия переводится в его школу и сразу же объявляет, что интересуется только экстрансенсами, пришельцами из космоса и параллельных миров, а также путешественниками во времени. С подачи Кёна она организует собственный кружок SOS, призванный разыскивать и исследовать любые необычные явления. Помимо себя и Кёна девушка вписывает в члены кружка Нагато Юки, Асахину Микуру и Коидзуми Ицуки. Вскоре все три новых члена SOS раскрывают Кёну, что являются представителями трех организаций, тайно наблюдающих за Судзумией. Нагато является агентом пришельцев из космоса, представляющих собой информационные формы жизни. С их точки зрения, Судзумия стала причиной «информационного взрыва» и является ценным объектом для исследований, способным дать информацию для дальнейшей эволюции. Асахина представляет путешественников во времени, полагающих, что Судзумия стала причиной «времятресения», и неспособных пройти в прошлое дальше чем на три года до основных событий. Наконец, Коидзуми представляет экстрасенсов, считающих Судзумию богом, три года назад сотворившим мир и наделившим их паранормальными способностями. Позднее к SOS временно присоединяется Ясуми Ватахаси, которая в итоге оказывается альтер-эго Судзумии. По мере развития сюжета Кён сталкивается с рядом паранормальных явлений, а также оказывается втянут в разборки между организациями, стремящимися использовать его для влияния на Судзумию. В разрешении возникших проблем ему помогают остальные члены SOS. Несмотря на происходящее рядом с SOS, Судзумия никогда не замечает, что разыскиваемые ею чудеса происходят рядом с ней, а все приключения достаются Кёну.