Действие сюжета игры начинается в 2001 году во время войны в Афганистане и продолжается до марта 2002. Разведгруппа спецподразделения ВМС США DEVGRU с позывным «Нептун» послана на встречу с афганским информатором Тариком (англ. Tariq), который имеет разведданные, необходимые ЦРУ. Отряд «Нептун» состоит из четырёх моряков со следующими позывными: Мама (англ. Mother), Вуду (англ. Voodoo), Монах (англ. Preacher) и Кролик (англ. Rabbit). Параллельно с «Нептуном» в Афганистане действует спецподразделение Армии США «Дельта», позывной «Волки». Её состав: Пантера (англ. Panther), командир «Волков», Вегас (англ. Vegas), Дасти (англ. Dusty), наблюдатель группы, и Двойка (англ. Deuce), снайпер группы. Помимо них, главным героем является рейнджер 1-го батальона Данте Адамс из группы быстрого реагирования (QRF).