Осенью 1937 года по Тихвину прокатилась волна арестов.

К ноябрю почти все духовенство города находилось в местной тюрьме. Очередь дошла и до бывшей игуменьи Иоанникии, которая была арестована как участница контрреволюционной группы.
3 декабря 1937 года, в самый канун престольного праздника — Введения во храм Пресвятой Богородицы, бывшая игуменья Введенской обители была расстреляна вместе с другими тихвинскими новомучениками: игуменом Арсением (Дмитриевым), протоиереем Иоанном (Сарвом), священниками Емилианом Панасевичем, Николаем Покровским и Василием Канделябровым.
Мраморное изваяние святого ангела с золотым крестом с памятника на могиле игумений Августы, надгробные плиты настоятельниц монастыря Марии, Павлы, Серафимы, Рафаилы, как и многие другие, были употреблены на фундаменты цехов лесохимического завода.
Не остановили святотатцев трогательные слова, выбитые золотом на мраморной плите игумений Серафимы:
«Остановись, не попирай гробницу! Над нею слезы льют и сиры, и вдовицы. Здесь инокинь наставница лежит...».
Все они были причислены Русской Православной Церковью к лику святых в 2002 году. Место расстрела тихвинского духовенства точно не установлено, поэтому крест был установлен на площади перед Введенским женским монастырем в память о том, что среди расстрелянных была последняя настоятельница обители, игумения Иоанникия.
Введенский женский монастырь в Тихвине