Долго продолжалось путешествие митрополита Алексия. Когда он дошел до слияния рек Волги и Самары, встретил здесь пустынника и, оглядевшись окрест, предрек основание на этом месте великого города, который просияет благочестием. Было это за два столетия до основания города Самары.

В 1586 году по указу царя Феодора Иоанновича на правом берегу реки Самары была основана крепость, которую назвали по имени реки Самарой. Строителем новой крепости стал воевода Григорий Осипович Засекин, потомок Рюриковичей и Чингизидов. Новая крепость должна была защищать восточные границы Русского государства от ногайских татар.

Одновременно с основанием крепости заложили деревянный православный храм. Освятили его в честь Живоначальной Троицы, а придел – в честь Святителя Николая Мирликийского. И тогда же устроили Спасо-Преображенский монастырь.

Постепенно поселение распространилось вдоль левого берега реки Волги. В 1688 году крепость Самара стала городом.

Не богата была в ту пору Самара церквями, но дух благочестия жив был среди ее жителей, в сороковых годах XIX века у самарцев появилась мысль об устройстве в городе женской обители предположительно на сто сестер. К тому времени целый век прошел с тех пор, как был расформирован Спасо-Преображенский женский монастырь и его четырнадцать монахинь вместе с игуменией нашли приют в Симбирском монастыре.

Прошло почти столетие, но память о Спасо-Преображенском монастыре в городе осталась жива и в Самаре появились девицы и вдовы, желающие посвятить свою жизнь Богу. В подражении монашескому образу они носили черную одежду, жили обособленно и благочестиво под руководством священника Успенской церкви С. М. Бельского, называли их черничками.

Поддержку и помощь в благом стремлении сестры получили в благочестивом семействе Михаила Ивановича и Елены Львовны Федоровых. Вместе с протоиереем Казанского собора Иоанном Халколивановым супруги Федоровы сумели воодушевить самарцев мыслью о создании в Самаре монастыря. Начался сбор пожертвований на будущую женскую обитель.

Федоров служил уездным землемером и не от излишества, а по любви к Богу пожертвовал для общины участок принадлежавшей ему земли на Мечетной (ныне Самарской) улице. Но это место было удалено от воды, что, безусловно, затруднило бы жизнь общины. Тогда нашлись новые благотворители. Купцы Петр Сергеевич Синягин и Михаил Иванович Назаров пожертвовали примыкавшую к реке Волге береговую полосу земли, а Елена Львовна Федорова, ее мать – чиновница Прасковья Александровна Сухова и родная сестра Михаила Федорова Ольга Ивановна Тимашева – соседние к этой полосе места на пригорке. «Самарские епархиальные ведомости» заметили по этому поводу: «Для блага общины готовилось пожертвование мест, которое трудно было ожидать и предвидеть, но которое прямо указывало на особенное попечение Промысла Божия в отношении к общине на первых порах ее зарождения». Место было ровное, удобное для постройки келий, разведения огорода и сада.

Более тридцати девиц и вдовиц в возрасте от 22 до 60 лет собрались на пожертвованном месте для совместного жития. Среди первых сестер были две дворянки, три солдатки, семь мещанок, одна казачка, восемь – купеческого звания и две – духовного. Получив благословение архипастыря, они выбрали из своей среды для руководства мещанскую девицу Марию Яковлевну Янову. Для руководства внешнего и внут­реннего порядка, образа жизни и поведения сестер общине были выданы правила, утвержденные в 1842 году Святейшим Синодом для Арзамасского, Ардатовского, Зеленогорского и Дивеевского женских православных общежитий, находившихся в Нижегородской епархии. Эти правила состояли из 49 параграфов, которые определяли порядок служб, образ жизни и взаимоотношения насельниц.

В 1850 году крестный ход, который традиционно проводился на Воздвижение Креста Господня в Самаре, по просьбе попечителей общины пришел на место будущего монастыря. Епископ Симбирский и Самарский Феодотий (Озеров), совершив водосвятный молебен, окропил святой водой эту территорию. После водружения креста он положил первый камень в основание часовни и благословил сестер иконой Иерусалимской Божией Матери, поручив таким образом возникающую обитель охране и покровительству Царицы Небесной. Этот день считается началом Самарского Иверского женского монастыря.

На следующее утро после освящения в общине закипела работа. Первым делом сестры стали собирать на берегу камень для фундамента. Через два месяца, в ноябре, часовня в честь Казанской иконы Божией Матери уже была построена и освящена, и сразу же в ней начали совершаться вечерние Богослужения и часы. Сначала к Казанской часовне был определен причт Казанского собора, потом причт Троицкой церкви. Во время первой всенощной произошло исцеление бесноватой девочки от Иерусалимской иконы Пресвятой Богородицы, подаренной общине Преосвященным Феодотием.

«Самарские епархиальные ведомости» писали об этом времени: «Основавшись прочно на новом месте около устроенной часовни и упрочивши внешний и внутренний порядок, юная община смело и радостно стала смотреть в свою будущность».

Поступившие в общину в первые годы ее существования сестры обрекали себя на сугубые труды, так как она не имела постоянного и прочного обеспечения и существовала лишь на пожертвования. Зарождающейся обители нельзя было надеяться на усиленную материальную помощь от горожан. В Са­маре в середине XIX века числилось около 15 000 жителей, в числе которых не было ни одного выдающегося богача. Торговлю в то время город вел небольшую. Купцов первой гильдии в нем не было вовсе. Даже во второй гильдии в Самаре считалось только восемь семейств. Из 2 324 городских домов четыре пятых были деревянные, а многие напоминали настоящие лачуги. Люди, затеявшие дело устроения общины, имели сами довольно ограниченные средства. Кроме протоиерея И. Е. Халколиванова и М. И. Федорова, звание попечителей общины приняли на себя средней руки купцы П. Г. Баранов и Г. В. Гаврилов и еще менее состоятельный почтмейстер Г. П. Богородицкий.

Бедность и скудость были во всем. Первые насельницы должны были иметь великое самоотвержение, крепкую, несокрушимую веру и любовь к Спасителю, неугасимую ревность к подвигам монашеской жизни. Каждая из них обязывалась на собственные средства устроить свою келию и полностью обеспечивать себя, занимаясь рукоделием. Но они были счастливы, потому что могли посвятить свою жизнь Господу и жить в радостном Богообщении под покровом Божией Матери.

В 1853 году губернское начальство решило провести дорогу вдоль Волги по местности, где расположилась женская община. Взамен сестрам был предложен участок на взгорье, там и обосновалась окончательно обитель. К тому времени в ней собралось уже 75 женщин и девиц, которые трудами и милостыней собрали до 7 060 рублей деньгами и разных вкладов тысяч на пять, заложив тем самым материальное основание для официального утверждения общины. Высочайшее решение было принято 12 марта 1855 года. Открытие женской общины в Самаре признавалось не только полезным, но и необходимым. Подобно другим богоугодным заведениям, она оставалась на собственном содержании, без всякого пособия из казны. Общину назвали Иверской, исполняя желание елабужской купчихи Екатерины Ивановны Марихиной, пожертвовавшей обители семейную святыню – Иверскую икону Божией Матери с ценным золотым покрытием.

Ко времени признания общины Казанская часовня была перестроена в храм. 4 апреля 1855 года Преосвященный Евсевий совершил чин великого освящения обновленной церкви и назвал ее в честь Иверской иконы Божией Матери. С этого времени к обители определен причт и началось совершение Божественной литургии. Через два года под Иверской церковью был устроен и освящен еще один небольшой храм – в честь Иерусалимской иконы Божией Матери – для совершения ранних Литургий. Первым священником в Иверской общине с 1853 года был Степан Васильевич Поспелов. Через два года причт увеличился дьяконом, а с 1858 года – вторым священником. В дальнейшем в штате монастыря было два диакона и два священника. Священнослужителями Иверского монастыря в разное время были: Евгений Николаевич Тычин (годы служения: 1855–1858), Иоанн Герасимович Пиксанов (1858–1859), Никита Илларионович Салтыковский (1859–1866), Федор Иванович Благовидов (1859–1866), Дмитрий Николаевич Орлов (1859–1867), Константин Георгиевич Добросердов (1867–1878), Георгий Иванович Третьяков (1867–1904), Петр Степанович Архангельский (1881–1895), Василий Яковлевич Майеранов (1896–1901).

В предреволюционном 1916 году священнослужителями Иверского монастыря были протоиерей Гавриил Михайлович Фармаковский (служил в обители с 1878 года) и иереи Василий Александрович Успенский (в обители – с 1901 года) и Павел Георгиевич Третьяков (сын протоиерея Георгия Третьякова, в обители – с 1904 года).

Деревянная Иверская церковь имела скромный вид. Обшитая тесом и окрашенная масляной краской в коричневый цвет, она была продолговатой формы. Вход с нижней паперти вел по обеим сторонам лестницы на верхнюю площадку несколькими ступенями. На верхней площадке был вход в узкий коридор, где располагались две кельи. В одной из них находилась сестра, охраняющая храм, в другой происходило непрерывное чтение Псалтири. Через келью, где читалась Псалтирь, был вход на хоры и устроено помещение для настоятельницы. Потолок храма поддерживался четырехгранными колоннами. Две из них, стоящие ближе к амвону, были расписаны святыми изображениями. Церковь освещалась тринадцатью окнами, но так как с двух сторон она была заслонена горами, в ней чувствовался недостаток света. Иконостас в два яруса столярной работы, с вызолоченной резьбой по белому фону был устроен самарским купцом Василием Андреевичем Головачевым. С левой стороны царских врат помещалась Иверская икона Божией Матери. За левым клиросом находилась особенно чтимая Иерусалимская икона Божией Матери.

Алтарь был просторным. На горнем месте стояла большая икона Пресвятой Троицы с предстоящими внизу Божией Матерью, святыми угодниками и ангелами. Эта икона, подаренная Преосвященным Евсевием, писана на холсте, помещена в вызолоченную раму с такой же резьбой.

Ежедневное совершение Богослужения, строгое соблюдение уставов Церкви, стройное пение певчих, чистота, опрятность и порядок привлекали в обитель со всех сторон множество богомольцев, которые несли с собой посильные жертвы. Постоянным источником дохода для общины стала пожертвованная благотворителями земля в Жигулевских горах, которую сдавали в аренду, а также устроенное при общине кладбище для захоронения мирян. Кроме того, епархиальное начальство позволило выносить прославившуюся чудотворениями Иерусалимскую икону Божией Матери в дома обывателей Самары для совершения молебнов в сопровождении причта и певчих. Это тоже приносило доход монастырю.

С тех пор как община получила официальное право на свое существование, началось более активное строительство. За год с небольшим были сооружены несколько корпусов на каменных фундаментах, дома с надворными службами для священ­нослужителей, корпус с такими же службами для самой настоятельницы. При вступлении в общину сестры не только приносили по своим средствам вклады, но обязывались устроить для себя келию. Таким способом от 20 до 40 сестер, складываясь, строили корпуса, разделенные на несколько келий, в каждой из которых жили от одной до четырех сестер.

Вскоре встал вопрос о постройке в обители большого каменного храма. Сменивший к тому времени на самарской кафедре Епископа Евсевия Преосвященный Феофил (Надеждин) благословил это начинание и 17 сентября 1858 года освятил место будущего строительства. Совершив закладку Сретенской церкви, глава Самарской епархии произнес прочувствованное слово, в котором напомнил, что святые храмы Божии – это места, где мы в спасительных Таинствах воспринимаем благодатные дары Святого Духа; здесь мы приносим моления пред Господом и исполняем обеты, подобно тому, как поступили праведная Анна и родители Пречистой Девы Марии. Напомнив библейские сюжеты, Владыка Феофил наставил насельниц Иверской общины строгому и неукоснительному исполнению данных ими обетов работать Господеви со страхом и трепетом.

Знаменательно, что закладка храма совпала с днем, когда Святой Церковью празднуются представительницы трех христианских добродетелей Веры, Надежды, Любови и матери их Софии – мудрости, без которых не созидаются ни временное благополучие, ни, тем более, вечное спасение. План на постройку трехпрестольной церкви был составлен губернским архитектором К. Г. Макером в русско­византийском стиле. Строительство продолжалось более десяти лет. Этот величественный храм имел крестообразную форму, его своды покоились на шести колоннах. Длина и высота здания составили более сорока метров, ширина – около тридцати метров. Храм венчался куполом с пятью грушеобразными главами, из которых средняя выделялась своими большими размерами. Три входа – с запада, юга и севера – были сделаны из белого камня, каждый вход имел семнадцать ступеней. Стены отделали под белый мрамор, алтарь выложен мрамором и установлены многоярусные резные иконостасы.

Для такого значительного сооружения у монастыря не было средств, однако строительство храма совершилось. Попечителем этого богоугодного де­ла стал самарский купец, городской Голова Василий Ефимович Буреев. Потрудились и другие благодетели. Например, купец и гласный Самарской городской Думы Иван Михайлович Плешанов пожертвовал более чем 10000 рублей, за свой счет заказал еще и два иконостаса со множеством икон.