"Удалю миндалины, и весь иммунитет пропадёт"

Носоглоточная и нёбные миндалины входят в лимфоидное кольцо Пирогова. По своей сути это иммунные органы. Пока они выполняют свою функцию, то действительно являются частью иммунного барьера.
Но если они начинают мешать жить, становятся причинами частых болезней и хронических воспалений, то они уже свои функции не выполняют.
Более того, эти "защитники" начинают подрывать иммунитет.
При наличии показаний их необходимо удалять.