ВОПРОС: В ходе исполнения государственного контракта на строительство подрядчик перешел с УСН на НДС, промежуточное выполнение закрыто по УСН, следующее выполнение хотят закрывать по НДС.

Как оформлять документы? Аудит говорит, что это признают ошибкой, не могут быть КСки на один объект с разным налогообложением.
ОТВЕТ: Цена контракта и этапов исполнения контракта не меняется. Сперва определяется выполнение с учетом установленной цены, а потом исчисляется НДС по расчетной ставке 20/120. Утрата исполнителем работ (подрядчиком) права на применение упрощенной системы налогообложения в период выполнения работ по государственному (муниципальному) контракту не может служить основанием для увеличения цены контракта в результате налогообложения.
В рамках установленной государственным контрактом твердой цены, исполнителем работ (подрядчиком) необходимо применение расчетной налоговой ставки 20/120. Таким образом, налог подлежит исчислению и уплате в бюджет налогоплательщиком (подрядчиком) не в дополнение к цене работ, установленной государственным контрактом (т.е. доначислением суммы НДС), а с применением расчетной налоговой ставки, исходя из того, что теперь НДС включен в цену контракта.
Поскольку цена контракта не изменяется, корректировке подвергается только внутренняя структура цены контракта.
Выставлять оформленные счета-фактуры Заказчику в этом случае не нужно, ведь НДС к оплате по операциям Подрядчик дополнительно не предъявлял (Письмо Минфина России от 08.11.2021 N 03-07-09/89781).
Примечание: Данная позиция сформирована на основании положений Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30.05.2014 N 33 "О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость. В Определении ВС РФ от 16.04.2019 N 302-КГ18-22744 Судебная коллегия по экономическим спорам ВС РФ указала на незаконность доначисления подрядной организации НДС и налога на прибыль в связи с утратой права на применение УСНО.
Союз инженеров-сметчиков https://t.me/souz_smetchikov/1282