Чтобы не навредить саженцам томатов, а, напротив, стимулировать их активный рост, пикировку производят по определенным правилам.

За день до намеченной процедуры пикировки следует прекратить полив рассады. Это необходимо, чтобы земля не была тяжелой, а сеянцы легко вынимались из грунта без повреждения корней.
Непосредственно на момент пикировки у вас под рукой должны быть:
общая емкость с рассадой помидоров, готовой к пересадке;
отдельные емкости для распикирования томатов;
небольшая ложка для манипуляций с растениями;
грунт для рассады;
лейка с отстоянной водой.
Для начала заполните каждую индивидуальную емкость для будущей распикированной рассады универсальным овощным грунтом – можно брать специализированный "рассадный", а можно обычный, в который добавлено комплексное минеральное удобрение из расчета 1 ст.л. подкормки на 5 л субстрата.
В серединке каждого горшочка пальцем или палочкой (карандашом) сделайте углубление в грунте. Его размер должен быть таким, чтобы стебель сеянца полностью оказался в земле.
Небольшой ложечкой подденьте росток из общей емкости и аккуратно достаньте его вместе с земляным комком, стараясь не повредить ни хрупкие листики, ни тонкие корешки молодого томата.
Вместе с этим комком земли растение перенесите в новый индивидуальный горшочек. Разместив его в подготовленной лунке, аккуратно подсыпьте грунт (заглублять растение можно до самых семядольных листиков – так образуется больше боковых корней), слегка уплотните его и полейте водой комнатной температуры.
Такую же процедуру проделайте со всеми здоровыми рослыми сеянцами томата из общей емкости.
Некоторые огородники советуют при пикировке также прищипывать центральный корень томата примерно на 1/3 его длины для лучшего развития боковых корней, другие же считают, что такая процедура, напротив, замедлит рост сеянца. Единого мнения у агрономов на этот счет нет.