Согласно церковным преданиям, первые монахи поселились в XIV или XV веках. Первое письменное упоминание о местности «Святые горы» относится к 1526 году.  Первое достоверное упоминание о монастыре относится к 1624 году, когда духовенству была пожалована царская грамота на право владения этой землёй. В 1679 году монастырь захвачен и разграблен крымскими татарами. К монастырю относилась также Гороховатская Богородичная пустынь. Впоследствии восстановлен и во второй половине XVIII века утратил оборонное значение, став крупным землевладельцем. В 1787 году по указу императрицы Екатерины II Святогорский монастырь был упразднён, а принадлежавшие ему деревни, земли и угодья отобраны в казну. В 1790 году новым владельцем Святогорья стал князь Потёмкин-Таврический. По указу Святейшего Синода монастырские храмы Успения Божией Матери и святителя Николая на скале обращены в приходские, а прочие разобраны и увезены. В упразднённом состоянии обитель находилась почти 57 лет. Земли оставались в роду Потёмкиных. В 1844 году по ходатайству землевладелицы Татьяны Потёмкиной указом императора Николая I Святогорский монастырь был восстановлен по чину и уставу Глинской пустыни Курской епархии. За следующие 70 лет он достиг небывалого расцвета, став одним из крупнейших в Российской империи. В этот период не раз поднимался вопрос о присвоении Святогорской обители статуса лавры. Монастырь имел кирпичные мастерские, мельницы, разные мастерские, торговые лавки, был известен замечательными видами и притягивал много богомольцев. В конце XIX века у места крушения поезда с императорской семьей в селе Борки был устроен Спасо-Святогорский скит с храмом Христа Спасителя. Также действовали пещерный Арсеньев скит, Ахтырский скит (больничный хутор). Перед Первой мировой войной в монастыре находилось около 600 монахов. Святогорская обитель была вновь открыта в 1992 году. Первыми насельниками были монах, священник (сейчас архимандрит Серафим) и четверо молодых послушников из Донецка. В этом году монастырю отдали разграбленный и осквернённый, превращённый в кинотеатр Свято-Успенский собор, в боковых приделах которого были устроены общественные туалеты, сам собор был перекрыт железобетонным перекрытием на два этажа. В 1995 году, когда увеличилось количество братии, начали реставрацию и восстановление храмов и корпусов обители. 28 ноября 2003 года Святогорскому монастырю были окончательно переданы находившиеся в ведении Славяногорского историко-архитектурного заповедника и санатория «Святые Горы» жилые и хозяйственные строения. Учитывая древность обители, её историческую роль, многочисленные обращения православных верующих, а также активное возрождение монастыря и его благодатное влияние на духовную жизнь региона и Украины, 9 марта 2004 года Священный Синод Украинской Православной Церкви с благословения Патриарха Алексия Второго принял решение о присвоении монастырю статуса лавры.

С начала войны на Донбассе лавра приняла десятки тысяч беженцев. Наместником монастыря уже 23 года служит митрополит Арсений (Яковенко). Он вырос в Воронежской области РФ, свободно разговаривает на украинском и русском языках с детства, на Донбасс приехал после развала Советского Союза. 50-летний митрополит, по сути, является пятым человеком в УПЦ (МП). По этому поводу отшучивается пословицей: «Це я тут владика, а на тому світі чи владика, чи свиня дика – ще побачимо».

Нас бомбила Украина, я это и на Страшном Суде скажу, – наместник Святогорской Лавры митрополит Арсений.