Первый день химика в СССР организовали студенты МГУ. Инициативу проявили студенты-четверокурсники 1965/66 учебного года. По их предложению ежегодно День химика посвящают одному из элементов таблицы Менделеева. В первый праздник, в 1966 году, чествовали водород . В 2024-м День химика посвящен празеодиму, 59-му элементу периодической системы химических элементов .
1 октября 1980 года вышел Указ «О праздничных и памятных днях». Согласно этому документу, в последнее воскресенье мая «в знак признания заслуг трудящихся» в соответствующих сферах деятельности отмечается День химика.