Особенно трудно пришлось в первую военную зиму. Студенты и работники института, не имевшие своих приусадебных участков, получали всего 300-400 граммов хлеба в сутки на одного человека. «Для студентов и работающих, - как вспоминает А. В. Кобзева, - было организовано скудное одноразовое питание в столовой. Больше ничего не было: ни крупы, ни картошки, ни овощей. Все, что получали с полей и фермы Учхоза, шло для нужд госпиталя, фабрики, детских учреждений и столовой». В последующем решили использовать под огороды пойму реки Б. Кинель. Земля, где раньше росла лишь трава, зазеленела посевами картофеля, капусты, огурцов, помидоров и других овощей. Это позволило улучшить и питание студентов.
Еще летом 1941 года институт вынужден был ютиться только в одном здании - корпусе зооинженерного факультета или в «белом корпусе», так его тогда называли. Ритм учебы в первый военный год нарушился. Студенты осенью 1941 года, как и в послевоенное время, много работали в хозяйствах, помогая убирать урожай. Еще 25 июня открытое партийно-комсомольское собрание приняло решение оказать помощь «сверх обычной нашей работы» в организации госпиталя, а всем студентам «вместо каникул поехать на уборочные работы в совхозы». До 1 октября студенты находились в хозяйствах, а затем еще некоторое время помогали учхозу. С 1940 года все студенты получили право свободного посещения до 30% лекций для того, чтобы иметь возможность подрабатывать. Почти никто не пожелал воспользоваться этой льготой - лекции посещали все - тяга к знаниям была велика. Хотя сложностей было больше, чем достаточно. Нелегко было вспоминать о том времени профессору Н. Н. Ельчаниновой: «Пытались отвлечь себя от постоянных мыслей о хлебе, - рассказывает Надежда Николаевна. - Полевой суп, которым кормили нас в студенческой столовой, только обострял чувство голода. Не во что было одеться, не хватало учебников». Институт перешел на трехлетний срок обучения. В 1942 году даже не было зимней сессии. Экзамены за весь год студенты сдавали летом. В составе института продолжали работать два факультета: агрономический и лесомелиоративный. Число студентов было невелико. Например, в новом 1942/43 учебном году к занятиям приступили 200 человек. Основной бедой все эти годы была теснота. Все кафедры и службы института располагались в «белом» корпусе. Здесь же на первом этаже разместилась и студенческая столовая. Хотя многие студенты жили на квартирах, часть помещений была выделена под общежития, где кровати располагались в два яруса. Большинство кафедр размещались в одной комнате, где проводилась подготовка к занятиям, шли сами учебные занятия, велась научно-исследовательская работа. В этих же помещениях в вечернее время студенты занимались самостоятельной подготовкой. Например, кафедра растениеводства и селекции со штатом научных работников 5 человек (профессор, три доцента и ассистент) и 5 человек учебно-вспомогательного персонала (три лаборанта и два препаратора) имела в своём распоряжении всего один кабинет площадью в 20 кв. метров и одно помещение для подготовки материалов к учебным занятиям по растениеводству, овощеводству, луговодству, селекции и хранению сельскохозяйственных продуктов. Оборудование ставить было некуда, поэтому большая его часть находилась в коридорах или на складах. Читального зала не было, а сама библиотека располагалась в одном помещении вместе с кафедрой организации с.-х. производства.
Другой серьезной проблемой, особенно две первые военные зимы, была катастрофическая нехватка топлива. Его заготавливалось крайне мало, прежде всего, из-за отсутствия транспорта. Топлива было мало, и прежде всего потому, что его не на чем было доставить. В институте (без учхоза) имелось всего 5 лошадей и один автобус. Просьбы о выделении хотя бы одного грузовика остались без ответа. Правда, в 1942 году неожиданно появилась дополнительная тягловая сила. Хлопок для фабрики доставляли из Узбекистана на верблюдах. Однажды от возвращавшегося каравана отстал верблюжонок. Его подобрала и выходила эвакуированная к нам из Ленинграда, ветврач В.Т. Запольская. Необычного гостя назвали «Ванечкой». Таким же образом у него появилась напарница – «Лодочка». Верблюды стали незаменимыми помощниками в разрешении транспортных проблем.

Учебный процесс не прекращался. Из-за нехватки топлива температура в отдельные дни в учебных помещениях и общежитиях опускалась до 5-8°С. Приходилось не только ходить на занятия, но иногда и спать в верхней одежде. Только 50% студентов могли быть обеспечены неполным комплектом постельных принадлежностей.
В то время институт возглавляли прекрасные люди: М.А. Ольшанский, Л.В. Вереин, В.А. Сердобов, М.И. Соболев, А.Л. Новиков. На военной кафедре до 1944 года готовили радистов, а затем медсестер. Особенно активно здесь себя проявили начальник военной подготовки А.Д. Федоров, Кириченко, врач Боровикова и другие. Студенты проявили и свою комсомольскую инициативу. Так, по заданию райвоенкомата Сутягина, Буянова, Лахтарник, Тверская (2 курс) и Сызранцева (1 курс) самостоятельно подготовили в 1944 году 29 радистов. По заданию правительства профессор Анатолий Николаевич Клечетов со своими помощниками занимался исследованиями по выращиванию каучуконосов, в частности, Тау - Сагыза. Это важнейшая продукция была очень необходима для армии. На кафедре машиноведения (К.Н.Смирнов) работали курсы трактористов. Результатом помощи хозяйствам со стороны института было то, что практически все посевные и уборочные военной поры проходили в целом организованно. Фронт неизменно получал продукцию с кинельских полей и ферм.

В 1944 году в институте вновь введены приемные испытания. Выросли требования к знаниям студентов. Выпуск молодых специалистов происходил ежегодно. Несмотря на все трудности за 1941-1945 годы было подготовлено 538 специалистов, в том числе, 346 агрономов и 192 лесомелиоратора. Из выпускников военных лет немало тех, кто потом составил гордость Самарского сельскохозяйственного института. В том, что институт в трудное военное время продолжал давать Родине специалистов сельского хозяйства, немалая заслуга принадлежит преподавателям, сотрудникам вуза. Весь или почти весь период Великой Отечественной войны в институте и его подразделениях работали научные работники: Е.С. Артюх, Б.А. Бабицкий, М.Я. Бреславская, Д.В. Дружинин, М.Г. Крапивенцев, А.П. Корняков, А.Н. Клечетов, Л.Н. Калашников, Б.И. Логинов, Е.П. Мелких, С.Р. Молчадский, А.Л. Новиков, М.М. Разумова, Е.Т. Неретина, В.И. Сазанов, К.Н. Смирнов, И.Д. Шматок; сотрудники: А.Г. Галиченко (зав. кабинетом марксизма-ленинизма), А.В. Кобзева (старший лаборант), З.Ф. Щибраева (ст. лаборант), С.А. Сергеева, О.М. Игнатьева, А.В. Пронина, О.А. Ермошина, A.M. Братухин, Е.А. Безяева, З.М. Шпильман, П. Бочарова, Е.Ф. Семенякова, Е.М. Мальцева и многие др.