13 сентября 1939 года началась Битва за крепость Модлин.

Оборона крепости поляками продолжалась до 29 сентября. Всё это время поляки вели ожесточенные бои с немецкими частями (в том числе две дивизии СС) осаждавшими крепость.
10 сентября к Модлину с севера подошел 2й Армейский Корпус вермахта под командованием ген. А. Штрауса. На следующий день немцы провели разведку и, убедившись в слабости обороны, захватили Закрочим, ключевой пункт во внешнем кольце обороны, находящийся на берегу Вислы рядом с фортом 1 и в паре километров от цитадели. В тот же день немецкие войска смогли форсировать Нарев восточнее крепости и блокировали ее со стороны Новы-Двур-Мазовецки. На следующий день крепость была блокирована и с юго-западной стороны, после того как немецкие части переправились через Вислу. А с 13 сентября крепость оказалась в тесной блокаде.
Но кольцо блокады было не слишком прочным. С 13 сентября в крепость стали прорываться части армии Лодзь, которые располагались лагерем около Модлина. В крепость прибывали не только люди, но и артиллерия и даже бронетехника. Все это стало неплохим подспорьем для гарнизона, имевшего недостаточное количество орудий.
Лишь с 17 сентября 1939 боевые действия у Модлина становятся интенсивными. Это объясняется завершением Битвы на Бзуре. 17 числа немцы впервые бросают на крепость крупные силы авиации. В бомбардировках в этот день участвовало до 100 самолетов. На следующий день начался штурм крепости с восточной и северо-восточной стороны. Но этот штурм был неудачен. Немцы с потерями продвигались вперед, а поляки постепенно отошли к основной линии обороны.
Относительная неудача заставила немецкое командование перебросить под Модлин еще два корпуса, одним из которых был легкий моторизованный корпус Г. Гота. Эти корпуса были усилены тяжелой артиллерией и атаковали форты на южном берегу Вислы. Одновременно на северной стороне начался новый штурм линии фортов. 27 сентября пали форты 1 и 3, что давало противнику возможность напрямую штурмовать цитадель. После этого коменданту крепости ген. В. Томмее оставалось только начать переговоры о капитуляции.
Крепость капитулировала 29 сентября (после Варшавы) и оказалась одним из последних очагов сопротивления. Но на самом-то деле противнику не было необходимости штурмовать Модлин. Его достаточно было блокировать, чтобы гарнизон не мешал штурмовать Варшаву. А в Модлине, скорее всего, немцы проверяли способности новых родов войск при борьбе с укреплениями. В общем, нужно заметить, что ни массированные налеты авиации, ни участие танковых соединений в атаках на крепость не принесли быстрого успеха.
Уже после капитуляции Модлина, как утверждает польская сторона, части СС уничтожили около 500 польских военнослужащих и 100 гражданских лиц в Закрочиме. Эта была одна из первых акций устрашения проведенная СС в нарушение всех норм ведения войны.