Второй сезон начинается с появления новой феи — Лейлы.

Лейла — принцесса с водной планеты под названием Андрос, и её сила заключается в волшебном морфиксе — клейкой субстанции розового цвета. Она должна спасти группу пикси — миниатюрных феечек, которых держит в плену лорд Даркар. У неё есть своя феечка-пикси — Пифф, с которой её связывают так называемые волшебные узы, которые могут возникнуть между феей и пикси. Блум, Стелла, Скай, Брендон и Лейла отправляются на помощь пикси, и у каждой Винкс появляется своя феечка: у Блум — Локетт, у Стеллы — Амур, у Музы — Тьюн, у Текны — Диджит и у Флоры — Чатта.
Лорд Даркар освобождает Трикс из заточения в Светлом Камне для того, чтобы они служили ему. Он хочет получить волшебный кодекс, части которого спрятаны в школах магии и в поселении пикси. Блум продолжает глубоко интересоваться своей историей и своими настоящими родителями, в чём ей помогает новый преподаватель — профессор Авалон. Позднее оказалось, что первоначальный Авалон был не настоящим, а тёмным клоном, которого создал Даркар, а настоящий Авалон был у него в плену.
На протяжении этого сезона все Винкс получают силу Чармикса, которая делает их сильнее. Блум дважды попадает под тёмное колдовство Даркара, вынуждающее подчиняться ему. В последней битве с Даркаром Скаю удаётся вернуть прежнюю Блум, дав волю своим чувствам. Блум изливает всю свою ярость на Даркара и побеждает его вместе с Трикс.
В этом сезоне Флора находит свою пару — это Гелия, племянник Саладина, директора школы специалистов Красный Фонтан. Лейла становится шестым членом Клуба Винкс. Блум продолжает разгадывать тайны своего прошлого.