В случае развода супругов разделу имущества подлежит только совместно нажитое.

Средства маткапитала не могут считаться совместно нажитым имуществом, потому как имеют конкретные целевые нужды.
Отец имеет право использовать сертификат в исключительных случаях - если мать пропала без вести или была лишена родительских прав, а также, если отец — единственный усыновитель второго, третьего или последующего ребенка.
Но право на получение сертификата и распоряжение им – не одно и то же. К примеру, при использовании сертификата на покупку недвижимости, право на долю имеют родитель, которому выдан сертификат, и дети.
Причем доли должны быть выделены на всех детей, а не только на тех, после рождения которых государство дало маме право на получение денег. Также на долю имеет право второй родитель, если на момент использования сертификата он состоял в браке.
Бывшие супруги могут претендовать только на доли в имуществе, приобретенном на средства маткапитала, но не на сам капитал.
В случае развода жилье, даже недостроенное, надо делить на всех членов семьи, являющихся дольщиками, как того требуют нормы Семейного кодекса РФ и закона о материнском капитале.