После распада Советского Союза в пограничных войсках Российской Федерации продолжали награждать советскими знаками и медалями, в то же время шла работа по разработке своих наград.

2 марта 1994 года Указом Президента РФ вместо медали «За отличие в охране государственной границы СССР» была введена медаль «За отличие в охране государственной границы». Положение о медали практически полностью повторяло советское, однако рисунок изменился. Теперь на лицевой стороне медали помещалось изображение перекрещенных винтовки и шашки на фоне пограничного столба. По окружности помещался венок наполовину из дубовых и наполовину из лавровых ветвей, а на обратной стороне помещалась надпись «За отличие в охране государственной границы» и номер медали.

19 октября 1995 года приказом Директора ФПС в пограничных войсках был введен двухстепенной нагрудный знак «За заслуги в пограничной службе». Знак представляет собой серебристый равноконечный с расширяющимися заостренными концами крест. Крест обрамлен лавровым венком золотистого цвета – для I степени и серебристого цвета – для II степени. На крест наложен увенчанный короной золотистый двуглавый орел с распростертыми крыльями, держащий в правой лапе скипетр, а в левой – державу. На груди орла щит, на красном поле которого изображен всадник, поражающий копьем дракона. На оборотной стороне знака по горизонтали надпись: «За заслуги в пограничной службе». Знак носится на четырехугольной колодке золотистого цвета, обтянутой шелковой муаровой лентой зеленого цвета с двумя полосами белого цвета в середине и двумя узкими красными полосами по краям – для I степени и с двумя полосами белого цвета и двумя узкими полосами красного цвета по краям – для II степени. Знаком награждались военнослужащие и гражданский персонал Пограничной службы Российской Федерации, а также иные лица за «инициативу и усердие, проявленные при выполнении служебных обязанностей по защите и охране Государственной границы Российской Федерации, внешних границ государств-участников Содружества Независимых Государств, охране внутренних морских вод, территориального моря, исключительной экономической зоны, континентального шельфа Российской Федерации и их природных ресурсов, а также за другие заслуги, проявленные в период прохождения военной службы; за личную примерность и другие заслуги, проявленные в период трудовой деятельности и государственной службы в Пограничной службе; за активную помощь Пограничной службе в решении задач, возложенных на нее».

25 октября 1995 года в ФПС был введен знак «Заслуженный пограничник Российской Федерации». Знак представляет и изображение вытянутого по вертикали остроконечного щита с наложенным на него изображением пограничного столба. Снизу столб охватывают две лавровые ветви. По боковым и нижней сторонам щита расположена лента с надписью «Заслуженный пограничник Российской Федерации». На щит наложено изображение герба Российской Федерации. На оборотной стороне знак имеет порядковый номер. Данным знаком награждались «военнослужащие Пограничной службы Российской Федерации и лица, уволенные с военной службы в запас (отставку), безупречно прослужившие в войсках, органах и организациях Пограничной службы Российской Федерации не менее 20 календарных лет и награжденные медалью «За отличие в охране Государственной границы СССР» или «За отличие в охране Государственной границы», внесшие особый личный вклад в охрану и защиту Государственной границы, обучение и воспитание личного состава, укрепление боевой готовности соединений, воинских частей и подразделений». Имена пограничников, награжденных данным знаком, заносятся на мемориальную доску в Зале славы Центрального пограничного музея. Знаком № 1 был награжден (посмертно) Герой Советского Союза, полковник Никита Федорович Карацупа.

Указом президента РФ от 28 мая 1997 года было утверждено почетное звание «Заслуженный пограничник Российской Федерации». Данное звание присваивалось военнослужащим пограничных войск Российской федерации «за заслуги в укреплении безопасности и защите государственной границы Российской Федерации и состоящим на военной службе 15 и более лет в календарном исчислении».

В связи в введением данного знака, знак ФПС «Заслуженный пограничник Российской Федерации» был отменен и вместо него введен знак «Почетный сотрудник погранслужбы».

Приказом директора ФПС от 31 января 1996 года вместо знака «Отличник погранвойск» был введен трехстепенной знак «Отличник погранслужбы». Основой знака является изображение щита с усеченными верхними углами. В центре щита – фигура пограничника с автоматом на фоне пограничного столба. В нижней части расположена лента с надписью «Отличник погранслужбы», ниже ленты – щиток с указанием степени. Щит наложен на полувенок из лавровой и дубовой ветвей. Щит, фигура пограничника, пограничный столб, полувенок, надписи у 1-й степени золотистые, у 2-й – золотистые матовые, у 3-й – серебристые. Колодка знака 1-й степени трехцветна (бело-сине-красная), 2-й – рубиново-красная, 3-й – зеленая. Знаками награждались военнослужащие пограничных войск за образцовую службу по охране государственной границы и исключительной экономической зоны, качественное выполнение служебно-боевых задач, а также за отличные показатели в боевой подготовке за период обучения и примерность в воинской дисциплине. В исключительных случаях, за конкретную и реальную помощь российским пограничникам в охране государственной границы и исключительной экономической зоны, данным знаком могли быть награждены лица, не являющимися военнослужащими пограничных войск.

Этим же приказом был введен трехстепенной знак «За пограничную службу», которым награждались солдаты (матросы), сержанты (старшины) за образцовое несение службы по охране государственной границы и исключительной экономической зоны РФ непосредственно в пограничных нарядах. Знак вручался за 100, 200 и 300 выходов в наряд на охрану государственной границы. Знак представлял собой изображение двуглавого орла, увенчанного короной, с распростертыми крыльями, наложенного на скрещенные мечи и окантованного венком из дубовой и лавровой ветвей. Под орлом расположен щит. В его поле находится стилизованная под геральдический щит табличка с цифрами «100», «200» или «300», в ободке – надпись «выходов на охрану границы». Знак за 100 выходов – серебристый, из алюминия, за 200 – серебристый, из нейзильбера, за 300 – золотистый, из томпака.

В октябре 2000 года, для отличия военнослужащих пограничных войск, не менее года служивших на именной заставе или именном корабле, имеющих высокие показатели в службе и боевой подготовке, примерную воинскую дисциплину были введены знаки «За службу на именной пограничной заставе», «За службу на именном пограничном корабле».

Знак «За службу на именной пограничной заставе» представляет собой овальный лавровый венок, верхняя часть которого покрыта развернутым флагом. Рисунок флага – четырехконечный изумрудный (зеленый) крест. В центр креста наложено изображение эмблемы ФПС РФ с мечами. В белом поле венка фигура пограничника с автоматом на фоне пограничного столба. На нижней части венка щиток с надписью «ФПС России». Древко и обод флага, венок, фигура пограничника золотого цвета. На знаке «За службу на именном пограничном корабле» крест наложен на изображение Андреевского флага, а изображение эмблемы ФПС РФ с якорями. В белом поле венка помещено изображение пограничного корабля.

Для награждения пограничников, проходивших службу в районах боевых действий, а также в местности с тяжелыми климатическими условиями, были введены знаки «За службу на Кавказе», «За службу в Таджикистане», «За службу в Заполярье» и «За службу на Дальнем Востоке». Этими знаками, за отличие при выполнении воинского долга, высокие показатели в службе и боевой подготовке, конкретный вклад в обеспечение охраны и обороны государственной границы, награждались военнослужащие и гражданский персонал соединений, частей и подразделений пограничных войск, дислоцирующихся в данной местности.

30 июня 1999 года приказом директора ФПС для военнослужащих рядового и сержантского состава были введен четырехстепенной знак классного специалиста, до этого в пограничных войсках использовались общевойсковые знаки. Знак представлял собой зеленый фигурный щит. В верхней части знака изображался двуглавый орел. С левой стороны щит обрамлен лавровой, а с правой дубовой ветвями золотистого цвета. В центре знака изображается буква «М» или цифры «1», «2», «3», обозначающие классность специалиста. Нагрудный знак «Специалист мастер» предназначался для награждения военнослужащих рядового и сержантского состава пограничных войск, проходящих службу по контракту.

Этим же приказом для награждения рядового и сержантского состава, занявшего первые места в ходе соревнования на звание «Лучший специалист» в соединении пограничных войск, был введен знак «Лучший специалист». Знак повторял собой знак классности, только в центре знака помещался Андреевский крест красного цвета в обрамлении белого канта, а в окаймлении щита помещалась надпись «Лучший специалист».

Также были введены специальные знаки для выпускников высших учебных заведений профессионального образования ФПС России.