Если пропала строка поиска в synaptic, так же устранит проблему c отображением в gnome-software, нужно выполнить следующее:

sudo apt install apt-xapian-index
sudo update-apt-xapian-index -vf
apt-xapian-index утилита отвечающая за обслуживание индекса пакетов в вашей системе, что обеспечивает моментальный поиск, и автодополнение.
Команда update-apt-xapian-index -vf перестраивает Xapian-индекс пакетов, для того чтоб можно было выполнять поиск.
Результат: