На Афонском полуострове обитает почти 40 видов животных: олени, косули, зайцы, кабаны, барсуки, шакалы, лисы, дикие кошки, ежи, куницы, ласки, белки и другие грызуны, более 10 видов пресмыкающихся и 131 вид птиц.

В море у берегов Афона резвятся среднеземноморские тюлени и дельфины-афалины. Сохранилось много историй о том, как отшельники жили в полной гармонии с дикими зверями. Например, к старцу Тихону (Голенкову) в каливу приходила "добрая соседка" и "молчальница" лиса, которая давала себя гладить, а возле изгороди его садика кабаниха каждый год выводила своё потомство. Когда старец Исаак Дионисиатский в течение двух лет работал в пекарне, там жила гадюка, которую он подкармливал тестом и давал "послушание" охотиться на мышей. По просьбе Паисия Святогорца замолкали птицы. А Ефрем Катунакский однажды велел лягушкам прекратить кваканье, так как оно мешало вести службу. На это лягушки ответили, что они уже заканчивают славословить Бога и скоро отправляются отдыхать.