made of - сделан из (компонентов, которые остались неизменными)

Our techs found pipes in your car made of zinc, copper and polyethylene. Наши эксперты нашли в вашей машине трубы из цинка, меди и полиэтилена.
made from - сделан из (чего-то, что было видоизменено в процессе изготовления)
Those cookies were made from scratch. Это печенье было из последних продуктов.