В Яндекс.

Метрике изменились принципы подсчета визитов из Яндекс.Директа
Теперь каждый переход из Директа считается Метрикой отдельным визитом на сайт. Так что даже если реклама повторно привела посетителя (или их было несколько с одного компьютера) до того, как закончился визит в Метрике, каждый клик по объявлению станет отдельным визитом. Для некоторых сайтов это может отразиться на общей статистике посещений — до +5%.
В Метрике 2.0 переходы, которые признаны Директом недействительными, отображаются отдельно. Для них есть самостоятельная строка в отчете по рекламным системам.