До основания Адмиралтейства здесь, на левом берегу Невы, находилась деревня Гавгуево.

Изначально корабли для Балтийского флота строили верфи у рек Свирь и Сясь. Спуском их на воду в конце августа и сентябре занимался лично Пётр I.
По возвращению в Петербург Пётр I сразу же занялся поиском удобного места для Адмиралтейства, что заняло порядка двух недель. Выбор пал на деревню Гавгуево. Место здесь уже было относительно благоустроено. Вдоль реки сюда вела дорога, которая являлась ответвлением старого Новгородского тракта. Была она хоть и неудобна, но всё же упрощала подвоз материалов к верфи из глубины России.
Нева в этом месте достаточно широка для спуска кораблей со стапелей. Кроме того, место это было на расстоянии пушечного выстрела от Петропавловской крепости, чтобы накрыть Адмиралтейство огнём, если его захватит враг.
Адмиралтейство было заложено 5 ноября 1704 года. Считается, что первый проект верфи составил Пётр I. Первое Адмиралтейство представляло собой одноэтажное мазанковое сооружение в форме буквы «П».
Проект Петра I пришлось скорректировать, так как шведские войска тогда ещё достаточно часто угрожали молодому Санкт-Петербургу. Из-за этого было решено придать Адмиралтейству функции крепости. 24 июня 1705 года Меншиков приказал Яковлеву соорудить вокруг Адмиралтейства палисад, то есть земляной вал. Сооружение других построек разрешалось только в 150 саженях от вала.
К началу XIX века старое промышленное сооружение оказалось в соседстве с особняками знати, в самом центре русской столицы. Его внешний облик не соответствовал статусу места, да и крепостные сооружения были не нужны.
Обитавший в соседнем Зимнем дворце Александр I посчитал, что из его окон будет уместнее вид на солидное административное здание, нежели чем на старые производственные корпуса. В 1806 году по его указу к проектированию нового здание Адмиралтейства приступил архитектор Андреян Дмитриевич Захаров.
Захаровым построено третье здание Адмиралтейства, которое стало символом морского могущества России. Длина главного фасада — 408 метров. Высота башни со шпилем осталась прежней — 72 метра. Кораблик весом в 65 килограмм покрыт двумя килограммами чистого золота. Он действовал как флюгер.