Пётр I положил и начало научным исследованиям Сибири, призванным дать точные сведения о её природных ресурсах, населении и перспективах экономического развития. В ноябре 1718 года Петр I издал указ об отправке Д. Мессершмидта в Сибирь «для изыскания всяких раритетов и аптекарских вещей: трав, цветов, корений и семян, и прочих принадлежащих статей и лекарственные составы».
Даниэль Мессершмидт стал руководителем первой научной экспедиции в Сибирь. Немецкий ботаник, доктор медицины, путешественник, специалист в области естественной истории, географии, археологии был приглашён императором Петром I на русскую службу для исследования Сибири. Именно его считают родоначальником русской археологии.

Даниэль Готлиб Месcершмидт родился 16 сентября 1685 года в семье главного корабельного инспектора Данцига. Сейчас это город-порт Гданьск в Польше на берегу Балтийского моря. Даниэль начал обучение с четырех лет. Особое внимание было уделено изучению древних языков, а в начальной школе, наряду с другими предметами, латынь. После окончания школы в 1706 г. Мессершмидт стал студентом медицины в университете Йены, а через два года в университете в Галле, где изучал также зоологию и ботанику.
Получивший религиозное воспитание, Мессершмидт отличался исключительной добросовестностью, сознанием своего долга, педантичной пунктуальностью.
Вернувшись в Данциг, Даниэль занимался врачебной практикой (1713-1718 гг.), одновременно продолжал совершенствовать свои научные знания в области медицины, зоологии и ботаники. Очень сблизился в эти годы с профессором Иоганном Брейном (1680-1764 гг.). Именно он дал рекомендацию Мессершмидту для организации научной экспедиции в Сибирь для сбора коллекций и исследования естественных богатств России. В марте 1716 г. Мессершмидт получил приглашение перейти на русскую службу для исследования российского природного изобилия.
Президент Медицинской канцелярии, лейб-медик Петра I Иван Лаврентьевич Блюментрост, которому Мессершмидт непосредственно подчинялся, поручил ему также исследовать фауну Сибири и выявить месторождения полезных ископаемых. По собственной инициативе включил в план своих работ, кроме изучения флоры и фауны, исследования в области географии, истории, археологии и этнографии. Не менее важным он считал наблюдения и записи погоды различных климатических зон, лежащих на пути его следования, и, в связи с этим также исследование вопроса о предрасположении различных районов к тем или иным эпидемическим заболеваниям.
В 1718 году по указу Петра I в первую научную экспедицию Сибири направляется ученый Даниэль Готлиб Мессершмидт. Велено ему было «изыскать всякие раритеты и аптекарские вещи». За собранные редкости полагались выплаты из казны, за исследовательскую работу — жалование.

1 марта 1719 года Мессершмидт на шести подводах выезжает из Петербурга в Москву. В Москве идёт подготовка к длительной экспедиции и исследовательским работам в Сибири. Выехав из Москвы 5 сентября 1719 года, он следует по Оке до Нижнего Новгорода, по Волге до Казани, затем на санях через города Соликамск, Туринск, Тюмень и 24 декабря прибывает в Тобольск. В путешествии Мессершмидта сопровождали двое слуг и два солдата-денщика.
В начале, кроме самого Мессершмидта, экспедиция не располагала исследовательским штатом: не было даже писаря или сколь-нибудь сведущего помощника. Со временем штат экспедиции существенно разросся.
Мессершмидт абсолютно не знал русского языка. Однако ему повезло – в Тобольске он встретил несколько пленных шведских офицеров, которые к тому времени слегка «обрусели». Двое из них и стали первыми помощниками учёного. Это были образованные люди, хорошо знавшие местные условия. Это было только начало. Спустя некоторое время Мессершмидт уже знал русский язык и хорошо разбирался в народностях, населявших Сибирь.
1 марта 1721 года экспедиция в составе:
Даниэль Готлиб Мессершмидт – руководитель экспедиции;
Филипп Иоганн Табберт (более известный как Страленберг) – помощник начальника. Капитан Ф. И. Табберт принадлежал к той группе пленных офицеров, которые проявляли интерес к географии, истории, этнографии Сибири. Образованный, трудолюбивый, энергичный и отзывчивый, «любивший исторические и географические разыскания», еще до экспедиции поделился в Тобольске с Мессершмидтом накопленным опытом жизни в России и имеющимися у него материалами. Освоивший за годы плена (с 1709 г.) русский язык, привыкший к российским порядкам, знающий, как обходиться и с чиновниками, и с простыми людьми в сибирской глубинке, он стал соратником и ближайшим помощником немецкого ученого. Общность научных интересов, духовная близость, сопоставимое мировоззрение послужили той основой, на которой между этими двумя людьми сложились не только деловые, но и дружеские отношения.

Даниэль Каппелл – квартирмейстер. Даниэль Капелл поступил «в услужение» Д. Г. Мессершмидту одновременно с Ф. И. Таббертом 27 февраля 1721 г. Срок его службы устанавливался до тех пор, пока доктор не возвратится в Тобольск. Как и Ф. И. Табберта, унтер-офицера содержал Д. Г. Мессершмидт. Иван Данилович, как его называли в русскоязычных документах, Капелл к «собранию аптекарских насаждений и трав удобен будет», — так Д. Г. Мессершмидт обосновывал необходимость включения шведа в состав экспедиции. Но наиболее важной его функцией стало обеспечение экспедиции квартирами и продовольствием по пути следования. Д. Капелл прослужил недолго — 6 января 1722 г. он умер в Абаканском остроге от болезни.
Карл Густав Шульман – рисовальщик. 16-летний воспитанник школы К. Ф. Врееха. К. Г. Шульман занимался не только рисованием. Это был ловкий, физически развитый, смелый молодой человек. Он принимал самое активное участие во всех делах экспедиции, в том числе и в археологических раскопках, прекрасно управлялся с лошадью, например, умел верхом переплывать полноводные реки, карабкался по скалам, чтобы добираться до пещер, расположенных на большой высоте в обрывистых берегах верхнего течения р. Енисей.

Петер Кратц – слуга, переводчик, стрелок. Немец, «подмастерье башмачника по профессии», родом «из Dirschau в Пруссии», стал ближайшим и важнейшим ненаучным помощником Д. Г. Мессершмидта, обладал несомненными достоинствами, полезными для экспедиции: был опытным слугой, страстным охотником, знал русский язык. Но у него имелся и нетерпимый для Мессершмидта порок — злоупотребление алкоголем, пьянство.
Из Тобольска с Д. Г. Мессершмидтом выехали в Сибирь трое денщиков.
Андрей Геслер Невинг – повар и денщик. Немец, был родом из местности Sechsstädte, служил в российской армии драгуном. два других русские — Данила Приезжев и Михаил Бахметьев. Все трое — тобольские драгуны.
Иван С. Путимцов – 15-летний крепостной слуга.
На 14 санях выехала из Тобольска в Томск. 31 марта через р. Томь перебрались в Томск, где жили три месяца. В июле на трех каюках он поднялся до Томи, проследив все ее течения, причем в одном из береговых отложений нашел скелет мамонта.
10 августа 1721 года Д. Мессершмидт в 25 км от г. Кузнецка (ныне Новокузнецк), близ устья реки Абашевая обнаружил горящий пласт угля, называемый в народе «огнедышащая гора». Это было первое открытие каменного угля. Это открытие было сделано месяцем раньше открытия Михайло Волкова, которому в учебниках истории отведено место первооткрывателя.
Через Кузнецкий Алатау вдоль Уйбата (приток Абакана) на лошадях ученый достиг Абакана (сентябрь 1721 г.) и поехал в Красноярск (январь 1722 г.). Всё это время Мессершмидта интересовали археологические памятники, их описание, местонахождение, кроме этого, он скупал предметы, найденные в древних курганах. Пробовал и сам раскапывать курганы. Так, после двухдневной работы он нашел древнее захоронение, сделанное в виде деревянного ящика, засыпанного земляным холмом высотой в полтора человеческих роста.

13 мая 1722 г. выехал из Красноярска и спустился по рекам Кемчуг и Чулым, и оттуда опять проехал на юг Кузнецкого и Минусинского уездов. В сентябре был опять в Красноярске, где зимовал. Собранные по пути следования экспонаты ученый отправлял в Петербург на адрес Иоганна Блюментроста. Мессершмидт был первым исследователем Кузнецкого Алатау и Минусинской котловины. Особенно сложным и результативным было путешествие из Туруханска в верховья Нижней Тунгуски. 8 мая 1723 г. ученый сплыл по Енисею до Мангазеи (Туруханска) и поднялся по Нижней Тунгуске, пройдя вверх по реке около 2700 км, отметив устье 56 притоков и определив географическую широту 40 пунктов на ней; при этом между 62 и 63 градусами северной широты обнаружил пласты каменного угля, графита и других полезных ископаемых. Затем перешел на р. Лену у Киренска, поднялся до ее верховьев и зимним путем доехал до Иркутска.
Весной 1724 года ученый проехал через южное Забайкалье, был первым исследователем, посетившим Читу (Читинский острог) и через северную Монголию – большое озеро Далай-нор; по пути описал забайкальские серебро-свинцовые рудники, соленые озера и источники. У Далай-нора переводчики и проводники сбежали от ученого; он заблудился и голодал. В октябре Мессершмидта на две недели задержал монгольский отряд.
По Онону и Ингоде путешественник достиг Читы, пережил здесь 25 января 1725 года землетрясение. Вечер в Читинском остроге выдался тихим и безмятежным. К 7 часам там уже давно стемнело, и люди постепенно готовились ко сну, как вдруг услышали жуткие раскаты и странные толчки, которые с каждым разом усиливались. Казалось, что земля сейчас разверзнется, и всё упадёт в пропасть.
Даниэль Мессершмидт, остановившийся там на ночлег, вспоминал об этом так: «Я боялся, что мой дом, который был очень старый, развалится, так как балки трещали и всё, что висело на стенах комнаты, двигалось, подобно часовому маятнику». Колебания продолжались ещё около 30 минут. Это было одно из самых крупнейших землетрясений в истории России. Оно получило название Великое Восточно-Сибирское землетрясение.
Утром перепуганный Мессершмидт вышел на улицу, и его взору предстала ужасная картина: виднелись расщелины толщиной в несколько сантиметров, лёд на реке Чите, несмотря на стужу, вскрылся. Всем жителям острога показалось, что ЧП произошло только у них, но впоследствии, двигаясь всё дальше, немецкий путешественник узнавал, что в тот же день едва не разрушились дома в Нерчинском, Еравненском и Телембинском острогах. Жуткие колебания фиксировали даже в районе Иркутска. Тогда, конечно, точно измерять интенсивность землетрясения не умели, однако, по современным данным, в эпицентре она составила 11 баллов из максимальных 12. Больших жертв удалось избежать лишь из-за одного фактора – в ту пору Восточная Сибирь была малозаселённым регионом, и посему жители отделались лишь испугом.
15 апреля 1725 года вернулся в Иркутск. 23 июня отбыл отсюда по Ангаре в Енисейск. В августе 1725 года он от Енисея перешел на Кеть и сплыл по ней до Оби. Ученый едва не утонул в Енисее, потеряв при этом часть багажа. Наступившие морозы и ледостав заставили его отказаться от передвижения по воде, и он провел целый месяц под открытым небом, дожидаясь, когда установится санная дорога. В ноябре по Оби Мессершмидт достиг Самарова (Ханты-Мансийск) на Иртыше, близ его устья. В Самарово прибыл поздней осенью, затем отправился в Тобольск. Почти полгода готовил экспедиционный груз к обратному пути. Багаж, состоящий из разного рода коллекций, рукописей, рисунков, приборов и т.п. общим весом 2,5 тонн был размещен на струге, любезно отремонтированном В. Берингом, строившим здесь в это время корабли для Первой Камчатской экспедиции.

В начале весны, 27 марта 1727 года, через Тобольск, Тюмень, Соликамск, Москву, Мессершмидт вернулся в Европейскую Россию, закончив семилетнее путешествие, положившее, по мнению академика В.А. Обручева, начало планомерного исследования Сибири. Результаты экспедиции потрясли даже Академию наук. Не было ни одной области науки, которую бы Мессершмидт не обогатил коллекциями и записями. Он сдал в только что образованную Российскую Академию наук 23 тома своих трудов, написанных в глубинах Сибири, громадный гербарий, карты, атлас рисунков (36 таблиц) и собранную им большую коллекцию древних предметов. Но в 1725 году умер царь Петр, а его преемникам, погрязшим в бесконечных дворцовых интригах, было не до Мессершмидта, не до его драгоценнейших, первых в русской науке обширных материалов, характеризующих «незнаемую» Сибирь.
После приезда в Петербург в Академии наук властвовал Иван Данилович Шумахер, с которым Мессершмидт не смог найти общего языка. Научные материалы, собранные с таким трудом, оказались для него почти недоступными, ему было отказано в их изучении, хотя многие предметы, в частности, из коллекции национальных костюмов, ученый приобрел за собственные деньги. За долгие годы отсутствия Даниэль Готлиб впал в забытие. Все кому не лень при молчаливом согласии Шумахера растаскивали собранные с таким трудом ценнейшие коллекции. Об обещанном вознаграждении – ни слова. Все это для ученого было глубоко оскорбительно.
Наконец наступили счастливые дни. В марте 1728 года он женился на Бригитте Элен Боклер, дочери петербургского аптекаря. Своей избраннице Даниэль рассказал, что в Соликамске она явилась ему во сне. Может, придумал романтичную историю, чтобы тронуть сердце юной красавицы. Элен хотела видеть мужа знаменитым и богатым, всякий раз напоминала: «Не мешало бы выхлопотать должность с приличным жалованием». Но его не приглашали ни в Академию, ни в музей. И Даниэль решил уехать в родной Данциг.
С него взяты обязательства, что он сохранит полное молчание обо всем, что касается сибирской экспедиции, и без разрешения академии не может публиковать свои материалы. Мессершмидт сдержал свое слово, и дневники его, содержавшие бесценные для науки сведения, увидели свет лишь недавно.
16 сентября 1729 года Мессершмидт вместе с Элен и маленькой дочкой покинули Санкт-Петербург. Корабль, на котором они плыли, затонул. Людей спасли, а весь багаж Мессершмидта погиб. Он лишился ценных книг, рукописей, коллекций…
На родине Даниэль разыскал коллегу Табберта фон Страленберга. Тот сделался известным, опубликовал свою книгу. А Даниэля Мессершмидта уже забыли. Жена посчитала его неудачником, забрала дочку и ушла. Даниэль остался один. Серьезно заболел. Имевшиеся деньги утекли как вода. Он оказался в крайней бедности. Учёный умер в 1735 году, забытый всеми, не дожив до 50 лет.
Это была не только первая научная экспедиция в Сибирь. Это была комплексная экспедиция — изучавшая природные и исторические богатства Сибири. Экспедиция Мессершмидта положила начало последующим экспедициям, которые Академия наук отправляла в Сибирь.
Учёный совершил подвиг. Семь лет в сложнейших условиях по диким местам Сибири. Продвигаясь на лошадях по долинам и горам, на лодках и плотах по таёжным рекам, летом — мошка, зимой — лютые морозы. А ещё добавьте к этому повсеместную грязь и неустроенность российской глубинки, волокиту и мздоимство местных властей, воровство и отлынивание от работы проводников. Первым быть всегда трудно. Но надо сказать, что Мессершмидт с успехом справился со своей ролью научного первооткрывателя природных, археологических и этнографических богатств Сибири.