2 сезон

Первый раз в Ураганных Хрониках мы видим Кабуто на Мосту Неба и Земли. Сакура узнала от умирающего Сасори, что последний должен встретиться там со своим шпионом у Орочимару, которым и оказался Кабуто. Команда Какаши, но с заменами(Ямато вместо раненого Какаши, Сай - вместо ушедшего Саске) была послана перехватить шпиона. Ямато маскируется под Сасори, но разговор с Кабуто не клеится, к тому же вскоре на мосту появляется Орочимару. Тогда из засады выскакивают Сакура, Сай и Наруто. Последний, придя в ярость после упоминания Орочимару о Саске, использует силу Кьюби для сражения с санннином и становится практически невменяем в этой форме. Кабуто же остается лишь зрителем в этой схватке, хоть и решает вылечить Сакуру от ранения, полученного от неконтролируемого Наруто, в шутку сказав, что за эту услугу шиноби Конохи могут убить кого-нибудь из Акацки Позже он и Орочимару покидают поле боя, прихватив с собой Сая, который представился посланцем Данзо. Но Наруто и товарищи проследили за ними до их убежища и даже на некоторое время пленяют Кабуто. Однако Саске, недовольный нежелательной встречей с бывшими компаньонами, своими силами разрушает убежище, а потом после короткого сражения исчезает вместе с Орочимару и освободившимся Кабуто.
Через некоторое время Орочимару посылает Кабуто за Гурен, которая его тут же атакует, чтобы проверить, достоин ли он быть его правой рукой. После этого она сопровождает его в убежище Орочимару для выбора заключённых. Также, позже в битве за Санби, Кабуто использует тело умершего шпиона Ринджи, чтобы заставить Юкимару высвободить полную силу Биджу, рассказывая ему, что Гурен виновата в смерти его матери. Он атакует Гурен и Юкимару, но его останавливает Наруто, после чего с него слетает лицо Ринджи, раскрывая истинное лицо, Кабуто.
В небольшой схватке с Наруто, Кабуто призывает Ринджи с помощью Шикон но Дзюцу и атакует им Гурен, которая падает с ним с обрыва. От крика Юкимару, Санби разрывает печать, разрушая местность. Довольный же произошедшим Кабуто покидает озеро.
Когда Саске убил Орочимару, поглотив его шаринганом, Кабуто имплантировал себе его ДНК, чтобы самому стать сильным и превзойти своего бывшего хозяина.
Клетки Орочимару дали Кабуто множество новых способностей и сделали его очень сильным шиноби, но взамен стали пытаться поглотить его. Позже, Якуши выслеживает Наруто и отдает ему книгу Орочимару с информацией об Акацуки, в которой написано все, что Саннин знал об этой организации, во время встречи Хината при наблюдении видит, что чакра Кабуто уже стала на две трети подобной чакре Орочимару.
Якуши странствовал, осваивая новые способности, появившиеся после имплантации ДНК Орочимару, обучившись технике, известной как режим Отшельника, найдя ДНК многих умерших, вероятно также овладев Эдо Тенсей.
Кабуто решает начать действовать и находит убежище Тоби, лидера Акацуки. Когда тот приходи в свое убежище, Кабуто "приветствует" его и рассказывает, что когда-то был шпионом Сасори, предавшим Акацуки. Услышав это, Тоби почти начинает атаковать, но оказывается заблокирован пятью гробами, предусмотрительно поставленными здесь Якуши. Кабуто объясняет, что это Эдо Тенсей и предлагает союз против Альянса Шиноби.
Когда Тоби уже готов отказаться, не видя смысла, то Кабуто показывает еще один гроб, Учихи Мадары. Тоби, который выдавал себя за Мадару, понимает, что Кабуто перехитрил его, и соглашается. После этого Кабуто и Тоби уходят, чтобы перераспределить свои силы.
Кабуто призывает множество умерших воинов с помощью Эдо Тенсей, мастерски овладев этой техникой и называя ее величайшей техникой шиноби. Он, с согласия Тоби, модифицирует армию Белых Зецу, сделав ее еще более боеспособной, после чего побеждает Анко Митараши, которая обнаруживает его убежище.
Tак как ее Чакра связана с Чакрой Орочимару, oн ее не убивает, что увеличивает недоверие Тоби. Кабуто говорит, что использует
Анко в качестве сосуда для Эдо Тенсей, после чего Тоби требует от Кабуто, рассказать ему все подробности техники, с чем Кабуто соглашается, продемонстрировав ее на плененных охранниках, пока еще не утвержденного, Шестого Хогаке, то бишь Данзо.
После этого начинается война. В то время как Тоби отправляется на поле боя, Кабуто контролирует своих призванных воинов из далека. Его армия Эдо Тенсей нанесла большой вред армии Альянса Шиноби. Войска Деревень отступали, не в силах справится с неуязвимыми воинами. Однако Наруто смог освободить от Эдо Тенсей Учиху Итачи, который, в свою очередь, запечатал Нагато Пейна. После этого альянсу удалось запечатать или парализовать многих призванных, но до победы было еще далеко.
Позже, когда Муу призывает на поле боя Учиху Мадару, Кабуто разговаривает с ним через Цучикаге. Через некоторое время, его находит Учиха Итачи, а за ним прибывает Учиха Саске. Кабуто пытается использовать ненависть Саске, чтобы тот помог ему победить Итачи, что ему не удается. Начинается сражение между ними, в котором Кабуто побеждает Саске и фактически три раза убивает Итачи(из-за Эдо Тенсей Итачи возрождается каждый раз), но из-за собственного высокомерия повторяет одну из атак дважды и тем самым позволяет Итачи закончить Изанами, в результате чего Итачи запирает его сознание в почти бесконечную петлю и через несколько секунд срывает с него очки и
ловит в гензюцу. С помощью гендзюцу Итачи заставляет Кабуто отменить Эдо Тенсей.
Dasp86b
Кабуто спасает жизнь Саске
Позже Саске воскрешает из печати Анко Орочимару, который забирает свое ДНК из Кабуто обратно, в результате чего, по-видимому, Якуши лишился большой части своих сил.
Спустя некоторое время Кабуто освобождается от действия Изанами и отправляется на поле сражения. К тому моменту как он прибывает, он видит раненым Саске. В то время Карин с другого места чует злую чакру около Саске. После того как Така прибывает к Саске они узнают что личность со злой чакрой никто иной как Кабуто. Использовав клетки Хаширамы и медицинское дзюцу он возвращает Саске к жизни.
#ЯкушиКабутоВики