Разоружение армян сделало возможным проведение систематической кампании против армянского населения Османской империи, которая заключалась во всеобщей высылке армян в пустыню, где они были обречены на смерть от банд мародёров или от голода и жажды.

Депортации были подвергнуты армяне из почти всех основных центров империи, а не только из приграничных районов, затронутых военными действиями. Организаторы геноцида поставили задачу полностью очистить восточные провинции империи от армянского населения в том числе и для того, чтобы армяне не могли претендовать на автономию по причине их минимального населения в этих провинциях
Вначале власти собирали здоровых мужчин, заявляя, что доброжелательно настроенное к ним правительство, исходя из военной необходимости, готовит переселение армян в новые дома. Собранные мужчины заключались в тюрьму, а затем выводились из города в пустынные места и уничтожались с использованием огнестрельного и холодного оружия. Затем собирались старики, женщины и дети, которым также сообщали, что они должны быть переселены. Их гнали колоннами под конвоем жандармов. Тех, кто не мог продолжать идти, убивали; исключения не делались даже для беременных женщин. Жандармы выбирали по возможности длинные маршруты или заставляли людей идти обратно по тому же маршруту, пока от жажды или от голода не умирал последний человек.
Первая фаза депортации началась с высылки армян Зейтуна и Дёртйола в начале апреля 1915 года. 24 апреля была арестована и депортирована армянская элита Стамбула, депортации подверглось также армянское население Александретты и Аданы. 9 мая правительство Османской империи приняло решение выслать армян восточной Анатолии из мест компактного проживания. Из-за опасений, что депортируемые армяне могут сотрудничать с русской армией, высылка должна была производиться на юг
26 мая 1915 года Талаат представил «Закон о депортации», посвящённый борьбе с выступающими против правительства в мирное время. Закон был утверждён меджлисом 30 мая 1915 года. Хотя армяне там не упоминались, было ясно, что закон был написан о них. 21 июня 1915, во время заключительного акта депортации, Талаат приказал выслать «всех армян без исключения», живших в десяти провинциях восточного региона