Родилась в кальвинистской семье. Первые уроки рисования Луиза получила у своего отца, пейзажиста Николаса Муайона, училась у художника Франсуа Гарнье. Прожила всю жизнь в Париже. Умерла Луиза Муайон от болезни сердца в 1696 году. Большинство еë работ — натюрморты, выполненные изысканной техникой, были сделаны в 1630-х годах, до вступления в брак в 1640 году с богатым купцом Этьеном Жирардо де Шанкуром. Последние работы написаны художницей в 1645 году. Луиза Муайон выработала свой особый стиль. Работы художницы пользовались большой популярностью. В числе ценителей таланта и покровителей Муайон были представители высшей знати Франции и Англии, в том числе, король Карл I.