После путешествия Наруто, Сакура и Какаши вновь воссоединяются в команде как равные её члены.

Их первую миссию, спасти похищенного Акацки Гаару, команда успешно завершает. Наруто снова отправляется в поиски с целью спасти Саске. Затем команда переформировывается, и в качестве новых членов команды к ней присоединяются Сай и Ямато на место отстранившегося Какаши. Во время встречи с Саске последний превосходит Наруто и остальных в силе, что приводит миссию к провалу, а команда возвращается в Коноху. В схватке против Орочимару Наруто теряет контроль над Кьюби, что приводит к поражению (но не смерти) Орочимару и тяжким последствиям для Сакуры; в частности, покров лиса нанёс тяжёлые трудно восстановимые ожоговые ранения.
После победы в сражении с Какузу, в котором впервые был использован Расен-Сюрикен, Наруто со своими друзьями предпринимают ещё одну попытку спасти Саске, который к тому времени уже убил Орочимару и начал поиски своего брата Итачи, однако и эта попытка проваливается: благодаря навыкам членов новой команды Саске Така команда Какаши постоянно теряла след Саске и поздно прибыла на место битвы Саске и Итачи. Между тем, Тоби принес Саске в своё убежище, где рассказал историю Итачи, после которой Саске решает уничтожить Коноху.
Наруто побеждает Пейна
После смерти Джирайи Наруто начинает свою новую тренировку. Его вызывает Фукаcаку на Мёбокузан, где Наруто обучается Сендзюцу, однако обучение экстренно прерывается, когда его зовут в Коноху, где Пейн уже полностью разрушил деревню. В сложном бою Наруто показывает свою новую силу, но теряет контроль над Кьюби после того, как Пэйн воткнул кол в Хинату, признавшейся Наруто в любви. Незадолго до того как Наруто снимает печать, появляется его отец, чакра которого была вложена в печать, и останавливает Наруто. Так Наруто узнает, что четвертый Хокаге - его отец. После того как Наруто побеждает все тела Пэйна, он находит самого Нагато. Ему удается убедить Нагато вспомнить свои идеалы, и тот жертвует собой во время выполнения техники воскрешения, которой он оживил всех жителей Конохи, убитых после нападения Пейна.
После неудачной попытки остановить Райкаге, желающего призвать Саске к ответу, Наруто узнает от Тоби о своей связи с Рикудо Сеннином и о неизбежной битве между ним и Саске, равно как и правдивую историю об Итачи. После собрания Каге Саске уходит от битвы со своей бывшей командой, чтобы приготовиться к следующему сражению, пересадив себе глаза Итачи.
Наруто и Курама на войне
После этой встречи новый Альянс Гокаге принимает решение отправить Наруто и Киллера Би на Шимагаме, чтобы укрыть их от Тоби. На этом острове Би учит Наруто полному контролю Биджу, запечатанном в нём, давая уроки, которые он сам когда-то проходил. Он побеждает свою темную сущность у Водопада правды и сражается с Кьюби в секретной пещере. Там он, в подсознании встречает свою маму, которая рассказывают ему тайну его происхождения. Затем для полного контроля над Кьюби побеждает того и приобретает Кьюби Чакра Модо.
После, он узнает, что за стенами острова идет война. Даже Ируке не удается остановить его и Наруто сбегает вместе с Киллером Би. После небольших разбирательств с Райкаге, оба Джинчурики помогают Альянсу Шиноби. Наруто встречает воскрешенных Итачи и Нагато и вместе с Би сражается с ними. Тем не менее Итачи переходит на их стороны путем обманного Гендзюцу и вместе они запечатывают Нагато.
Затем он находит Тоби и начинает сражение против него и бывших Джинчурики. На помощь приходят Какаши и Майто Гай. Во время боя, Курама и Наруто становятся друзьями и объединяются в одну команду. Так он полностью превращается в Кьюби и побеждает всех Биджу. Наруто освобождает всех Биджу и общается сними в подсознании, узнав их имена. После того как Итачи отменяет Кучиёсе: Эдо Тенсей, души умерших Джинчурики освобождаются. Тоби начинает возрождение Джуби, но Наруто решает сначала уничтожить его маску. Начинается новое сражение. Путем обманных маневров маска уничтожается и выясняется, что Тоби — это лучший друг Какаши Учиха Обито, считавшейся погибшим. Спустя некоторое время, на поле боя лично прибывает Учиха Мадара, желая поддержать Обито в этой би