Извините, уточните пожалуйста: нужно ли полностью удалять точки из текста включая URL адреса, что бы ссылки стали нерабочими?

И нужно ли сохранять сами ссылки в виде текста без круглых скобок вокруг них, как вы указали, или оставить их в виде обычного текста?