Почему у манчкинов короткие лапки?

У манчкинов короткие лапки из-за особой генетической мутации, затрагивающей развитие конечностей. Этот так называемый «коротколапый» признак обусловлен доминантным геном, который блокирует полноценное удлинение костей лап, но не сказывается на пропорциях туловища и других частях тела. В отличие от других пород, где встречаются укороченные лапы из-за отдельных генетических заболеваний, у манчкинов это просто наследуемая анатомическая особенность — не болезнь и не дефект.​

Ген, отвечающий за короткие лапы, называется аутосомно-доминантным (обозначают как Mn). Если хотя бы один из родителей несёт этот ген, часть котят в помёте обязательно будет с короткими лапками. Но если оба родителя коротколапые, часть эмбрионов с двумя такими генами просто не выживают — поэтому все выжившие коротколапые манчкины имеют только один «коротколапый» ген и один обычный, и всегда могут родить котят с нормальной длиной лап.​

С научной точки зрения это явление похоже на карликовость у такс и корги, но не влияет на общее здоровье, если породу разводить грамотно и под контролем.