При выборе обеззараживающих средств, методов и режимов обеззараживания исходят из эпизоотической ситуации на объектах животноводства и контаминации навоза, помета определенными видами возбудителей болезней, степени их устойчивости и опасности для животных и человека.

В ветеринарной практике используется несколько способов обеззараживания навоза. На крупных комплексах жидкий навоз разделяют на твердую и жидкую фракции путем применения системы отстойников.
Твердую фракцию навоза складывают в штабеля для биотермического обеззараживания, после чего вывозят на поля для приготовления компостов.
Жидкую фракцию сливают в аэротенки для биологической очистки за счет разложения веществ под влиянием аэробной микрофлоры. Осветленную жидкость обеззараживают хлором из расчета не больше 15 мг на 1 л. Такую жидкость используют для смыва навоза.

В последнее время жидкий навоз, контаминированный неспорообразующими возбудителями, дезинфицируют жидким аммиаком. Обеззараживание достигается при расходе 30 кг аммиака на 1 м массы навоза и экспозиции 5 суток.

Другой способ обеззараживания навоза — длительное выдерживание его в навозохранилищах. За это время погибают патогенные микроорганизмы.

Дезинфекция жидкого навоза с помощью химических средств с применением гомогенизации. В процессе гомогенизации происходит измельчение и растворение частиц навозной массы, в результате чего возбудители заболеваний частично освобождаются от защищающих их органических веществ, что позволяет вносить в 15 раз меньше дезинфектанта, чем без гомогенизации. В качестве дезинфектантов используют формальдегид, овицидный препарат Тиазон-Экстра, негашеную известь.