Модель спортивно-туристического мотоцикла Yamaha FJ 1200 появилась в 1986 году в качестве последователя модели Yamaha FJ1100.

Мотоцикл был ориентирован, в основном, на внешние рынки (Европа и США), однако в 1991 году официально продавался и в Японии. Примечательным являлся также тот факт, что модель Yamaha FJ1200 выдавала на тот момент рекордную мощность в 130 л.с. (среди японских двигателей воздушного охлаждения) и стала первым японским мотоциклом с ABS в качестве опции.
За основу модели был взят рядный 4-цилиндровый двигатель воздушного охлаждения, взятый от FJ1100 и увеличивший свой объем до 1188 куб. см. В итоге максимальная мощность поднялась до 130 л.с., а крутящий момент - до 108 Нм. Японские версии были "задушены" до 97 л.с. Европейские версии выдавали от 96 до 130 л.с.
Из особенностей Yamaha FJ1200 следует выделить стальную раму, регулируемые подвески, гидравлическое сцепление, 5-ступенчатую КПП, наличие версий с ABS (с 1990 г. - FJ1200A), топливный бак на 22 л и 258 кг снаряженной массы. Максимальная скорость - 244,3 км/ч. Разгон до 100 км/ч - 3,4 сек. Официальный расход топлива на Yamaha FJ1200 составляет 5,98 л на 100 км пути.
Модель производилась до 1993 года, после чего была снята с производства. Продажи новых мотоциклов осуществлялись до 1996 года (Великобритания). В 2001 году в качестве преемника модели Yamaha FJ 1200 была представлена новая модель - Yamaha FJR 1300.