На территории монастыря расположены 7 действующих храмов:

- Никольский собор, построенный в XVI веке, крестово-купольного типа изначально двуглавый, в 1683—1691 дополненный четырьмя малыми главами, убранными в 1782. Ныне одноглавый;
- Храм прип. Сергия Радонежского, возведённый в 1732г;
- Храм в честь преподобного Мефодия Пешношского;
- Храм в честь Богоявления Господня (нач. XVI);
- Надвратный Преображенский храм (1689) над Святыми воротами (1623), обращенными к реке Яхроме;
- Храм в честь Сретения Господня в трапезном корпусе (1510–1530);
- Церковь Дмитрия Ростовского с больницей (1811—1829).