Хоакин родился в Пуэрто-Рико, где временно жила его семья.

Родители актера — американские хиппи — путешествовали по Южной Америке и занимались миссионерской деятельностью. Отец Феникса Джон, имевший испанские и ирландские корни, и мать Арлин, происходившая из семьи еврейских иммигрантов из Венгрии и России, принадлежали к секте "Дети Бога". В семье, кроме Хоакина, подрастали еще четверо детей — брат Ривер, ставший впоследствии известным актером, и сестры — Либерти, Рейн и Саммер.
Хоакин и Ривер Фениксы со своей матерью Арлин
Как пишет пресса, деятельность секты никак не назовешь невинной. С виду все выглядело вполне прилично: последователи "Детей Бога" выступали за гармоничную семью, поддержку нуждающихся, за творчество и музыку. При этом внутри группы существовали странные правила: сектанты "делились" друг с другом мужьями и женами, детей с раннего возраста посвящали в тонкости сексуальных отношений, призывая "исследовать свою сексуальности.Подрастающему поколению внушали, что люди, не состоящие в секте, — "неверующие, которые хотят их убить". Многие из детей, чьи родители состояли в данной группе, стали жертвами сексуального абьюза, о чем рассказывают очевидцы. Брат Хоакина Ривер, уже став популярным, упоминал в интервью журналу Details, что слишком рано впервые "занялся любовью" — как сказал актер, это случилось в четыре года, "с другими детьми".